Seurat 元数据的特征图答案

【问题标题】：FeaturePlot of Seurat MetadataSeurat 元数据的特征图
【发布时间】：2021-06-01 15:11:25
【问题描述】：

假设我有一个名为 seur 的 Seurat 对象，其元数据包含一个名为“count”（双精度列表）的列，该列显示某个单元格出现了多少次。我想使用 FeaturePlot 工具在我的 UMAP 上绘制计数，以便通过颜色渐变查看高计数在哪里。

然而，当我这样做时：

FeaturePlot(seur, features = "count")

我得到错误：

count.Error in if (unique.feature.exp == 0) { : 
 missing value where TRUE/FALSE needed

如何解决此错误和/或正确使用 FeaturePlot？

【问题讨论】：

您确定"count" 是一项功能吗？我没有使用过 Seurat，但我的旧代码显示使用 "nUMI" 表示每个细胞的总 UMI 计数或使用 "nGene" 表示每个细胞的独特基因。

标签： r seurat

【解决方案1】：

它应该可以工作，检查你有 Seurat 3 或 Seurat 4，我在下面使用 Seurat_3.2.2：

library(Seurat)
seur = pbmc_small
eur$count = rpois(ncol(seur),5)
FeaturePlot(seur,features="count")

【讨论】：