将 CSV 数据框合并到 Seurat 对象元数据 - 值全部更改为 \'N/A\'答案

【问题标题】：Merging CSV data frame to Seurat object metadata - values all changed to 'N/A'将 CSV 数据框合并到 Seurat 对象元数据 - 值全部更改为 \'N/A\'
【发布时间】：2022-10-20 16:49:54
【问题描述】：

我已经使用 CellTypist 包（Jupyter Notebook）处理了 Seurat scRNAseq 对象来注释免疫细胞类型。我设法将预测的单元格标签导出为 CSV。我已将其读入 R 并希望将结果合并为 Seurat 对象元数据中的 Idents 列。

但是，当我使用 AddMetaData 函数并查看合并的对象元数据时，所有新标签都列为“N/A”（当我检查 csv 时它们具有正确的标签）。它们与原始 Seurat 对象共享完全相同的行标签，即单元标识符条形码。来自 csv 的标题也已正确传输，作为它们自己的 Idents 列。这两个对象（Seurat 对象和 csv）也具有相同的长度。当我将它们合并在一起时，似乎出了点问题。

我正在使用的代码是这样的：

meta.data = read.csv("predicted_labels.csv")

Tum_July_new <- AddMetaData(object = Tum_July, metadata = meta.data)

【问题讨论】：

标签： r metadata seurat

【解决方案1】：

你的 meta.data 是什么样的？ “它们共享完全相同的行标签”是指将行名作为单元格 ID 吗？

我曾经遇到过类似的错误，我使用以下方法解决了它：

rownames(meta.data) <- meta.data$whatever.column.has.the.cell.id

希望这可以帮助祝你好运：）

【讨论】：

【解决方案2】：

我的做法：

celltypist_predicted <- read.csv("predicted_labels.csv")

seuratOb[["PredictedLabels"]] <- celltypist_predicted$predicted_labels[match(rownames(seuratOb@meta.data), celltypist_predicted$X)]

【讨论】：