从 Java 运行 R 脚本答案

【问题标题】：Running an R script from Java从 Java 运行 R 脚本
【发布时间】：2014-03-03 09:11:53
【问题描述】：

当我尝试在 Mac OS 上从 Java Netbeans 运行 R 脚本时遇到问题。我真的在互联网上寻找这个问题的答案，但没有任何效果。

我使用过 Rserve 和 Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R")，但它们都不适用于我的程序。

当我使用 Rserve 时，我在 R 控制台上运行 Rserve(args="--no-save")，在 Java 程序上运行 Rconnection.eval("\myscript.R")，当我执行它时，程序继续运行没有任何响应，也没有错误，也没有停止。事实上，当我尝试执行更简单的 R 脚本时，比如计算平均值或类似的东西，它可以工作，但是当我尝试强制 xts/zoo 时间序列中的 data.frame 或只是加载 xts/zoo 库时首先在我的脚本中，程序不会停止运行并且什么也不做。

另一方面，当我尝试执行 "Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R")" 就像出现在其他类似帖子中时，没有任何反应。该程序看起来要执行脚本，但它没有给我任何结果，尽管至少停止运行。也许是因为 Mac OS，我无法向 Java 指出 Rscript 或 R.app 路径是什么，我真的不知道。

非常感谢您，希望您能帮助我。

贾维。

文件代码为：

public void Rconnection () {

RConnection c=new RConnection();
System.out.println("INFO : Trying to Connect to R");                          
c.parseAndEval("source(\"/scriptname.R\")");
System.out.println("Greeting from R:" + result.asString());
c.close();
}

而R脚本是：

EU.df <- read.csv("/myinput.csv",header=T)
EU.xts <- xts(EU.df[,2:5],seq(as.Date("1970-01-02"),len=nrow(EU.df),by="day"))
write.csv(EU.df, file = "/myoutputfile.csv",row.names=FALSE)

可能是因为 R 库的一些问题，或者是因为 MAC OS。

【问题讨论】：

我不知道 RScript 是什么，但我认为我们不再使用 Runtime.getRuntime()。我的印象是我们已经转移到ProcessBuilder。其次，您是否尝试过从命令行运行此 RScript？最后，由于我看不到您的代码，您是否同时读取 STDOUT 和 STDERR？可能是您的 RScript 有一些问题，但是您正在从错误的输出流中读取以便能够正确地看到它。
该死，这看起来很糟糕！编辑您的问题并将代码放在那里。
我尝试通过library(xts/zoo)和c.eval("library(xts)")调用R脚本中的库，但它也不起作用。
为什么你的意思是：“虽然至少停止运行，但没有给我任何结果。”。您的脚本会写入一个硬编码的 csv 文件。你有没有试过看看它是否被创建？？！
^ 并且：到底是什么问题？你得到的错误是什么？

标签： java r macos rscript

【解决方案1】：

您是否尝试过使用JRI？与 RServe 不同，这可能会“阻止”并为您提供更好的消息。

例如：

REngine re = new JRIEngine(new String[] { "--no-save" }, new RCallback(), false);
re.parseAndEval("source(\"/scriptname.R\")");
re.close();

【讨论】：