从 R 脚本运行 bash 脚本

Question

所以我有这个程序 samtools 我想从 cmd 行使用，将一个文件转换为另一个文件。它的工作原理是这样的：

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

因为我想自动化它，我想通过使用 R 脚本来自动化它。我知道您可以使用 system() 来运行操作系统命令，但我无法通过尝试使其工作

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta)

是否只是使用正则表达式来消除空格和东西，以便命令参数系统（命令）可读？我该怎么做呢？

编辑：

system("samtools 查看文件名.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' -> first_batch_1.fasta") 错误："system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\"

中出现意外输入

编辑2：

system("samtools 查看文件名.bam | awk '{OFS=\"\t\"; print \">\"$1\"\n\"$10}' -> filename.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ unterminated string
awk: cmd. line:1: {OFS="    "; print ">"$1"
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
> 

编辑3： 获胜者是：

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta")

Answer 1

调试方法是使用cat 来测试你的字符串是否被正确转义。所以：

1. 用你的字符串创建一个对象x
2. 小心转义所有特殊字符，在本例中为引号和反斜杠
3. 使用cat(x) 检查生成的字符串。

例如：

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta'

cat(x)
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta

如果这给出了正确的字符串，那么你应该能够使用

system(x)