从 python 运行 R 脚本答案

【问题标题】：Running R script from python从 python 运行 R 脚本
【发布时间】：2013-11-22 13:07:49
【问题描述】：

我搜索了这个问题并找到了一些答案，但它们似乎都不起作用。这是我在 python 中用来运行我的 R 脚本的脚本。

import subprocess
retcode = subprocess.call("/usr/bin/Rscript --vanilla -e 'source(\"/pathto/MyrScript.r\")'", shell=True)

我得到这个错误：

Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : 
  no lines available in input
Calls: source ... withVisible -> eval -> eval -> read.csv -> read.table
Execution halted

这是我的 R 脚本的内容（很简单！）

data = read.csv('features.csv')
data1 = read.csv("BagofWords.csv")
merged = merge(data,data1)
write.table(merged, "merged.csv",quote=FALSE,sep=",",row.names=FALSE)
for (i in 1:length(merged$fileName))
{
        fileConn<-file(paste("output/",toString(merged$fileName[i]),".txt",sep=""))
        writeLines((toString(merged$BagofWord[i])),fileConn)
        close(fileConn)
}

当我在 r 命令行中使用 source('MyrScript.r') 时，r 脚本工作正常。此外，当我尝试使用我在命令行中传递给subprocess.call 函数（即/usr/bin/Rscript --vanilla -e 'source("/pathto/MyrScript.r")'）的确切命令时，它可以找到，我真的不明白问题出在哪里。

【问题讨论】：

尝试为您的 csv 文件指定完整的文件路径，也许？
试试strace，看看exec调用的区别是什么。

标签： python r

【解决方案1】：

我不建议使用系统调用，因为 python 和 R 之间存在很多差异，尤其是在传递数据时。

有许多标准库可以从 Python 调用 R 以供选择，请参阅answer

【讨论】：

您好，我只需要运行一个简单的脚本，所以我不想拘泥于设置 rpy2 或其他库。
@Ehsan 设置起来相当简单，您将避免重新发明轮子。你是在 windows、mac 还是 linux 上？
@Ehsan 和另一个建议，如果您所做的只是用 R 加载 csv 文件，为什么不直接将 R 代码重写为 python？
我用的是linux，它不只是加载一个csv文件，而是我会在rpy2上搜一搜，看看怎么样:)
是的，如果你在 ubuntu 上它就像 sudo apt-get install python-rpy2 一样简单

【解决方案2】：

我认为 RPy2 值得研究，这是 R-bloggers.com 上的一个很酷的演示文稿，可以帮助您入门：

http://www.r-bloggers.com/accessing-r-from-python-using-rpy2/

本质上，它允许您访问带有 R 对象的 R 库，这些对象提供高级和低级接口。

以下是最新版本的文档：https://rpy2.github.io/doc/latest/html/

我喜欢将 Python 用户指向 Anaconda，如果您使用包管理器 conda 来安装 rpy2，它也将确保您安装 R。

$ conda install rpy2

这是基于文档介绍的小插曲：

>>> from rpy2 import robjects
>>> pi = robjects.r['pi']
>>> pi
R object with classes: ('numeric',) mapped to:
<FloatVector - Python:0x7fde1c00a088 / R:0x562b8fbbe118>
[3.141593]

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> base = importr('base')
>>> utils = importr('utils')

>>> import rpy2.robjects.packages as rpackages
>>> utils = rpackages.importr('utils')
>>> packnames = ('ggplot2', 'hexbin')
>>> from rpy2.robjects.vectors import StrVector
>>> names_to_install = [x for x in packnames if not rpackages.isinstalled(x)]
>>> if len(names_to_install) > 0:
...     utils.install_packages(StrVector(names_to_install))

并运行 R sn-p：

>>> robjects.r('''
...         # create a function `f`
...         f <- function(r, verbose=FALSE) {
...             if (verbose) {
...                 cat("I am calling f().\n")
...             }
...             2 * pi * r
...         }
...         # call the function `f` with argument value 3
...         f(3)
...         ''')
R object with classes: ('numeric',) mapped to:
<FloatVector - Python:0x7fde1be0d8c8 / R:0x562b91196b18>
[18.849556]

还有一个独立的小图形演示：

from rpy2.robjects.packages import importr
graphics = importr('graphics')
grdevices = importr('grDevices')
base = importr('base')
stats = importr('stats')

import array

x = array.array('i', range(10))
y = stats.rnorm(10)

grdevices.X11()

graphics.par(mfrow = array.array('i', [2,2]))
graphics.plot(x, y, ylab = "foo/bar", col = "red")

kwargs = {'ylab':"foo/bar", 'type':"b", 'col':"blue", 'log':"x"}
graphics.plot(x, y, **kwargs)


m = base.matrix(stats.rnorm(100), ncol=5)
pca = stats.princomp(m)
graphics.plot(pca, main="Eigen values")
stats.biplot(pca, main="biplot")

【讨论】：

【解决方案3】：

我不会太相信Rscript 调用中的来源，因为您可能不完全了解您在哪里运行不同的嵌套 R 会话。该过程可能会因为一些简单的事情而失败，例如您的工作目录不是您想的那样。

Rscript 让您可以直接运行脚本（如果您使用的是 Linux，请参阅man Rscript）。

那你可以直接做：

subprocess.call ("/usr/bin/Rscript --vanilla /pathto/MyrScript.r", shell=True)

或更好地将Rscript 命令及其参数解析为列表

subprocess.call (["/usr/bin/Rscript", "--vanilla", "/pathto/MyrScript.r"])

另外，为了让事情变得更简单，您可以创建一个 R 可执行文件。为此，您只需在脚本的第一行添加：

#! /usr/bin/Rscript

并赋予它执行权。有关详细信息，请参阅here。

然后您就可以像调用任何其他 shell 命令或脚本一样执行您的 python 调用：

subprocess.call ("/pathto/MyrScript.r")

【讨论】：

subprocess.call() 在我的情况下不起作用，但 subprocess.Popen() 对我有用。这是示例： process = subprocess.Popen(["R --vanilla --args %s %d %.2f
所有这些对我来说都是一样的：subprocess.call (['Rscript', '--vanilla', 'MyrScript.r']) subprocess.Popen(['Rscript', '--vanilla', 'MyrScript.r']) subprocess.call ('Rscript --vanilla MyrScript.r', shell=True) subprocess.Popen('Rscript --vanilla MyrScript.r', shell=True) 如果你不将参数分解成一个列表，那么当你需要使用 shell+True 我不确定使用 @ 将参数解析为 Rscript 987654332@

【解决方案4】：

如果您只想运行一个脚本，那么您可以使用sys 库中的system("shell command") import sys。如果你有一个有用的输出，你可以在你的 shell 命令结束时通过" > outputfilename" 打印结果。

例如：

import sys

system("ls -al > output.txt")

【讨论】：

我不知道这存在。它是否较旧/过时？它可以将输出保存为字符串吗？
我不知道它是否已经过时，但是你可以得到输出。使用此命令，您可以调用 shell 命令，因此如果使用 > 更改输出目标，则可以使用输出文件返回结果。

【解决方案5】：

尝试在 R 脚本的开头添加一行：

setwd("path-to-working-directory")

除了，将路径替换为包含文件features.csv 和BagofWords.csv 的文件夹的路径。

我认为您遇到的问题是因为当您从 R 运行此脚本时，您的工作目录已经是正确的路径，但是当您从 python 运行脚本时，它默认为其他地方的工作目录（可能是顶部用户目录）。

通过在 R 脚本的开头添加额外的行，您可以明确设置工作目录，并且读取这些文件的代码将起作用。或者，您可以将read.csv() 中的文件名替换为这些文件的完整文件路径。

@dmontaner 在他的回答中提出了这种可能性：

这个过程可能会因为一些简单的事情而失败，比如你的工作目录不是你想象的那样。

【讨论】：

【解决方案6】：

以下代码应该可以运行：

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r.source("/pathto/MyrScript.r", encoding="utf-8")

【讨论】：