从 R 对象中提取 long[]答案

【问题标题】：Extract long[] from R object从 R 对象中提取 long[]
【发布时间】：2011-03-01 03:17:58
【问题描述】：

我正在尝试为一些基于 C 的稀疏矩阵处理代码制作一个包装器（请参阅previous question）。为了调用主力 C 函数，我需要创建一个如下所示的结构：

struct smat {
  long rows;
  long cols;
  long vals;     /* Total non-zero entries. */
  long *pointr;  /* For each col (plus 1), index of first non-zero entry. */
  long *rowind;  /* For each nz entry, the row index. */
  double *value; /* For each nz entry, the value. */
};

这些很好地对应于dgCMatrix 稀疏矩阵中的槽。所以理想情况下，我只是指向dgCMatrix 中的内部数组（在验证 C 函数不会处理数据之后[我还没有完成]）。

对于*value，看起来我可以根据需要使用REALSXP 或其他东西来获得double[]。但是对于*pointr 和*rowind，我不确定获得合适阵列的最佳方法。我是否需要遍历这些条目并将它们复制到新的数组中，然后进行转换？或者Rcpp可以在这里提供一些糖吗？这是我第一次真正大量使用 Rcpp，还不是很精通。

谢谢。

编辑：我也遇到了一些我不明白的链接问题：

Error in dyn.load(libLFile) : 
  unable to load shared object '/var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so':
  dlopen(/var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so, 6): Symbol not found: __Z8svdLAS2AP4smatl
  Referenced from: /var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so
  Expected in: flat namespace
 in /var/folders/TL/TL+wXnanH5uhWm4RtUrrjE+++TM/-Tmp-//RtmpAA9upc/file2d4606aa.so

我是否需要使用一些特殊的编译标志来创建我的库？

编辑 2：看起来我的 libargs 参数无效，所以 libsvd 符号永远不会进入库。我找不到使用 cxxfunction() 包含库的方法 - 这是我尝试过的方法，但额外的参数（从 cfunction() 借来的一厢情愿）被默默地吞噬了：

fn <- cxxfunction(sig=c(nrow="integer", mi="long", mp="long", mx="numeric"), 
                  body=code,
                  includes="#include <svdlib.h>\n", 
                  cppargs="-I/Users/u0048513/Downloads/SVDLIBC", 
                  libargs="-L/Users/u0048513/Downloads/SVDLIBC -lsvd", 
                  plugin="Rcpp",
                  verbose=TRUE)

我觉得整个过程都错了，因为没有任何效果。有人把我踢到正确的方向吗？

【问题讨论】：

标签： r rcpp

【解决方案1】：

我决定也在 Rcpp-devel 邮件列表上发布一个查询，并从 Dirk 和 Doug 那里得到了一些很好的建议和帮助：

http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/rcpp-devel/2011-February/001851.html

我对这些东西仍然不是超级容易，但到了那里。 =)

【讨论】：

【解决方案2】：

我去年为 [R]-Smalltalk 接口做了类似的事情，并且更通用地使用字节数组来回传递所有数据：

在 C 中我有：

DLLIMPORT void getLengthOfNextMessage(byte* a);
DLLIMPORT void getNextMessage(byte* a);

在 R 中：

getLengthOfNextMessage <- function() {
    tmp1  <- as.raw(rep(0,4))
    tmp2<-.C("getLengthOfNextMessage", tmp1)
    return(bvToInt(tmp2))
}

receiveMessage <- function() {
    #if(getNumberOfMessages()==0) {
    #   print("error: no messages")
    #   return();
    #}
    tmp1<-as.raw(rep(0, getLengthOfNextMessage()+getSizeOfMessages()))
    tmp2<-.C("getNextMessage", tmp1)
    msg<-as.raw(tmp2[[1]])
        print(":::confirm received")
        print(bvToInt(msg[13:16]))
    # confirmReceived(bvToInt(msg[13:16]))
    return(msg)
}

我已经注释掉了函数 getNumberOfMessages() 和 confirmReceived() 的使用，这些函数是针对我必须解决的问题（多次来回通信）的。本质上，代码使用参数字节数组来传输信息，首先是 4 字节长的长度信息，然后是实际数据。这似乎不如使用结构优雅（甚至对我来说），但我发现它更通用，我可以连接到任何 dll，传输任何数据类型。

【讨论】：