R 使用 TDD (RUnit) 开发生物导体包答案

【问题标题】：R developing a bioconductor package with TDD (RUnit)R 使用 TDD (RUnit) 开发生物导体包
【发布时间】：2013-01-21 22:52:37
【问题描述】：

我正在尝试关注BioConductor RUnit guidelines。我遵循了最小设置，所以我有：

Suggests: RUnit, BiocGenerics 在描述中

BiocGenerics:::testPackage("MyPackage") 在 MyPackage/tests/runTests.R 中

还有MyPackage/inst/unitTests/中的一些test_XXX.R文件

如果我运行单个测试文件：

library(RUnit)
source("LIBRARY FILES")
source("MyPackage/inst/unitTests/test_getKeywordValue.R")
test_getKeywordValue()

测试运行（并在需要失败时失败），但如果我运行

R CMD check MyPackage

命令说：

* checking tests ...
  Running ‘runTests.R’
 OK

但是不要在MyPackage/inst/unitTests 目录中运行我的测试...

我错过了什么？

Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0  
R version 2.15.2 (2012-10-26)

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我不知道这方面的 BioC 指南，但我有许多 CRAN 包，它们使用 Martin Maechler 最初为一些 Rmetrics 包开发的方案。

在R Wiki post 中有描述，你可以看看我在 RcppArmadillo 或 RcppGSL 或其他一些包中的变体。关键通常是一个文件tests/doRUnit.R，它会进行必要的旋转以从源代码或已安装的包运行。

【讨论】：

【解决方案2】：

问题解决了。

故事如下：

我在我的包裹里放了一个 .Rinstignore 文件，里面有这行：

test/*

我期待 glob 样式的匹配（如 .gitignore），但正如 RShowDoc("R-exts") 所说：

.Rinstignore 进行 perl 风格的正则表达式匹配。

所以，我的规则 test/* 被 R 解释为：

Ignore all files starting with test followed by 0 or more '/'

（部分 /* 被解释为匹配零个或多个 / 字符）

使用grep 快速检查一下它是如何工作的：

grep("test/*", "inst/unitTests/test_bar.R",perl=TRUE)
[1] 1

删除线

test/*

.Rinstignore 解决了这个问题。

【讨论】：