使用 conda 骨架构建 r 生物导体包答案

【问题标题】：use conda skeleton to build an r bioconductor package使用 conda 骨架构建 r 生物导体包
【发布时间】：2018-04-06 22:21:24
【问题描述】：

我知道安装 r 包通常更容易，即使在 condas 中，使用 install packages 或类似的。但我也知道我通常可以构建自己的包，例如

conda skeleton cran tensorA
conda build r-tensorA
conda install --use-local r-tensorA

但是如果包位于bioconda，而不是cran，该怎么办？ DECIPHER，例如可以通过running在R中安装

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("DECIPHER")

主要出于学习目的，我想尝试将 DECIPHER（和其他生物导体包）构建到 condas 包中。谁能指出我做这样的事情的好方向？或者，如果您真的感觉棒极了，请列出您将采取的步骤？

【问题讨论】：

标签： r conda

【解决方案1】：

好的。以下是我设法解决这个问题的方法：

我使用来自另一个 r-build 的 conda 骨架文件作为模板。事实证明，对于生物导体包here's an example，在标题 Source Repository 下有一个指向 git 存储库的链接。

我发现以下指南很有帮助 here。

我最终制作了一个如下所示的 meta.yaml 文件

 package:
  name: r-decipher
  version: "2.6.0"

source:
  git_url: https://git.bioconductor.org/packages/DECIPHER

requirements:
  build:
    - r
    - bioconductor-biostrings
    - r-rsqlite

  run:
    - r
    - bioconductor-biostrings
    - r-rsqlite
test:
test:
  commands:
    # You can put additional test commands to be run here.
    - $R -e "library('DECIPHER')"           # [not win]
    - "\"%R%\" -e \"library('DECIPHER')\""  # [win]

about:
  home: https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DECIPHER.html

我还制作了一个如下所示的 build.sh 文件：

#!/bin/bash

if [[ $target_platform =~ linux.* ]] || [[ $target_platform == win-32 ]] || [[ $target_platform == win-64 ]] || [[ $target_platform
== osx-64 ]];然后导出 DISABLE_AUTOBREW=1 mv 描述DESCRIPTION.old grep -v '^Priority: 'DESCRIPTION.OLD>DESCRIPTION $R CMD 安装 --build 。别的 mkdir -p $PREFIX/lib/R/library/decipher mv * $PREFIX/lib/R/library/decipher 菲

还有一个bld.bat，如下所示

"%R%" CMD INSTALL --build .
IF %ERRORLEVEL% NEQ 0 exit 1

所有这些都放在一个名为 r-decipher 的源目录中。

从那个目录之外的目录中我运行了conda build，它起作用了（我可能不得不安装一些依赖项，但它在命令行上抱怨它们并且每个至少在 CRAN 中可用）然后运行@ 987654329@。

如果有人想使用我的特定版本的 r-decipher，现在可以在 https://anaconda.org/cramjaco/r-decipher 找到它

【讨论】：

我无法复制让它在其他系统上运行，也无法使用我的在线构建。