如何使用rpy2的生物导体？

Question

我正在尝试使用 rpy2 中的 bioconductor（特别是 seqLogo）。我找到了有用的包：

http://pythonhosted.org/rpy2-bioconductor-extensions/index.html

但是当我从包的文档中尝试这个时：

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr('base')

# evaluate locally a remote R script
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
base.require("biocLite")
bioclite = robjects.globalenv['biocLite']

我得到了错误

  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2-2.3.6-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2/robjects/environments.py", line 17, in __getitem__
    res = super(Environment, self).__getitem__(item)
LookupError: 'biocLite' not found

在我系统上的 R 环境中，以下工作完美：

> require(seqLogo)

我想使用这个已经从 rpy2 安装的 seqLogo 包。如何才能做到这一点？因为我已经安装了 rpy2，所以我可以这样做：

>>> import bioc

但不确定如何从bioc 安装新的生物导体包，如 seqLogo。

如果我尝试：

importr("seqLogo")

我得到错误：

rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘seqLogo’

谢谢。

Answer 1

Bioconductor 项目对其软件包安装程序的内部结构进行了一些更改。以下应该有效：

from rpy2.robjects.packages import importr

# do the following _only the first time_, to install the package seqLogo
base = importr('base')
base.source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocinstaller = importr("BiocInstaller")
biocinstaller.biocLite("seqLogo")

# load the installed package "seqLogo"
seqlogo = importr("seqLogo")

否则，rpy2 的 bioconductor 扩展已经有一段时间没有更新了。可能还有其他需要修复的地方。