Maxent：match.names（clabs，names（xi））中的错误：名称与以前的名称不匹配

Question

我正在尝试使用相对于 NED 高程栅格 (Elev) 在 R 中使用 maxent 的麋鹿位置点 (Elk) 来预测麋鹿高程选择。两者都使用纬度/经度在 NAD83 中投影，并且我已经裁剪了栅格以解决 R 中的内存问题。

我已将 Elk 数据集分为 5 组，其中 4 组现在是训练组 (ElkTrain)，1 组我保留为测试组 (ElkTest)。我还使用自己的训练和测试数据（NonElkTrain、NonElkTest）创建了自己的背景数据（NonElk）。我遇到了这个错误（使用和不使用我的背景数据），我找不到任何人讨论这个相对于 maxent 或仅使用一个数据帧时：

> Max <- maxent(x=Elev, p=ElkTrain, a=NonElkTrain)

或

> Max <- maxent(x=Elev, p=ElkTrain, a=NULL, nbg=5000, factors=NULL, removeDuplicates=TRUE)  

match.names(clabs, names(xi)) 中的错误： 名字与以前的名字不匹配

另外：警告信息：

在 .local(x, p, ...) 中： 1 (0.02%) 个存在点具有 NA 预测值

由于我只使用一个数据框 (ElkTrain)，哪些名称不匹配？

Answer 1

这是当您创建一个只有一个预测变量的 maxent 模型时会出现的错误。您可以使用 ?maxent 中示例中的数据来查看它

library(dismo)
# example data
predictors <- stack(list.files(path=paste(system.file(package="dismo"), '/ex', sep=''), pattern='grd', full.names=TRUE ))
occ <- read.table(paste(system.file(package="dismo"), '/ex/bradypus.csv', sep=''), header=TRUE, sep=',')[,-1]
bg <- randomPoints(predictors, 1000)

# this works
me <- maxent(x=predictors[[1:2]], p =occ)

# fails
me <- maxent(x=predictors[[1]], p =occ)
#Error in match.names(clabs, names(xi)) : 
#  names do not match previous names

这是因为在单层中，矩阵被丢弃（许多 R 错误的原因......），如下所示：

extract(predictors[[1:2]], occtrain[1:2,])
#     bio1 bio12
#[1,]  263  1639
#[2,]  263  1639

extract(predictors[[1]], occtrain[1:2,])
#[1] 263 263

我会解决的。但这里有两种解决方法。

= 制作单层 RasterStack（如您所建议）；最简单的方法：

prd <- stack(predictors[[1]])
me <- maxent(x=prd, p =occ)

= 或者使用提取的存在点和背景点的栅格值制作一个 data.frame：

abs <- cbind(pa=0, bio1=extract(predictors[[1]], bg))
prs <- cbind(pa=1, bio1=extract(predictors[[1]], occ))

并使用这些数据构建 maxent 模型

x <- data.frame(rbind(prs, abs))
m <- maxent(x[,2,drop=F], p=x[,1,drop=F] )

p <- predict(predictors, m)
plot(p)