ImageJ：将一系列文本图像作为堆栈打开答案

【问题标题】：ImageJ: Open a series of text images as a stackImageJ：将一系列文本图像作为堆栈打开
【发布时间】：2015-08-04 23:44:43
【问题描述】：

在 ImageJ 中，我可以使用 File>>Import>>Image Sequence... 以堆栈形式打开一系列图像（tif、png、jpg 等）。

我可以使用 File>>Import>>Text Image...打开一个文本图像（包含像素矩阵的 .txt 文件）...

但是如何将一系列文本图像作为堆栈打开？

有些人提供了一个Macro 来执行此操作，但效果不佳，因为它还会单独打开所有图像，如果您打开了其他图像，那么这些图像也会合并到堆栈中（尝试连续运行两次宏）。

如果有一个宏或插件可以将文本图像导入单个堆栈（忽略其他打开的图像）并且不会同时显示单个图像，那就太好了。基本上，它应该像 Import>>Image Sequence 一样操作。

这里是以当前宏为起点，但我不确定这是不是最好的起点。谢谢！

dir = getDirectory("Choose directory");
list = getFileList(dir);
run("Close All");
setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
   file = dir + list[i];
   run("Text Image... ", "open=&file");
}
run("Images to Stack", "use");
setBatchMode(false);

【问题讨论】：

标签： macros imagej

【解决方案1】：

就个人而言，您粘贴的宏在最新的斐济运行时对我有用 - run("Close All"); 行旨在防止意外图像包含在您的堆栈中，而批处理模式可防止间歇性图像弹出。

事实上，Images to Stack 应该会在您尝试使用非 2D 图像（即您之前运行的输出）运行它时抱怨。因此，如果您在运行宏时看到此行为，则可能是一个错误 - 您能否提供有关您使用的 ImageJ/OS/Java 版本的更多信息？

另外，更通用的解决方案可能是Bio-Formats importer - 它有一个标志，允许您将多个文件分组到一个堆栈中。如果您不想 manually install 它，则默认情况下，Bio-Formats 包含在 Fiji distribution of ImageJ 中

您可能还对测试 ImageJ2 功能感兴趣，该功能旨在将完整格式支持插入现有功能 - 例如这样就不需要为单独的格式量身定制这样的宏。从理论上讲，如果您下载 Fiji 并打开 Edit>Options>ImageJ2，那么 File>>Import>>Image Sequence... 应该可以按照您希望的方式运行......但目前还没有经过很好的测试。

【讨论】：

感谢这些建议！我尝试用 Fiji 运行宏，效果很好。 “关闭所有”命令（可以预见）关闭所有其他窗口，这通常不是我想要的，所以我删除了该行，它仍然可以正常工作。我在斐济尝试了 Bio-Formats 导入器和 Import>>Image Sequence，但这些都不起作用。如果他们这样做会很好......

【解决方案2】：

如果不想关闭其他打开的图片，可以使用Images to Stack的Title Contains参数：

只需重命名打开的文本图像，使其标题包含唯一的字符串。使用Macro recorder获取对应的宏代码：

dir = getDirectory("Choose directory");
list = getFileList(dir);

setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
    file = dir + list[i];
    run("Text Image... ", "open=[" + file + "]");
    rename("myUniqueIdentifier" + file);
}
run("Images to Stack", "title=myUniqueIdentifier");
setBatchMode(false);

【讨论】：