在 python 中为 ImageJ 创建一个多堆栈（例如 12 色）tiff 图像答案

【问题标题】：Create a multi-stack (e.g., 12 color) tiff image in python for ImageJ在 python 中为 ImageJ 创建一个多堆栈（例如 12 色）tiff 图像
【发布时间】：2021-12-11 18:45:32
【问题描述】：

我有一个维度为 (5000, 5000, 12) 的数组，分别代表 X、Y 和颜色。已经是dtype=uint16了。

我想从这个数组创建一个 tiff 堆栈，这样我就可以在 ImageJ 中加载它。到目前为止我的方法：

skimage.io.imsave(
   'Top4cores.tif', full_small_image,
    bigtiff=True, imagej=True, resolution=(1, 1),
    metadata={'spacing': 1, 'unit': 'um', 'axes': 'XYC'},photometric='minisblack')

不幸的是，这会创建一个图像：

SizeC = 5000
SizeT = 1
SizeX = 18
SizeY = 5000
SizeZ = 1

如何确保我的图像具有正确的坐标？我是否必须导出单个图像并在之后堆叠它们？

【问题讨论】：

标签： python numpy tiff scikit-image imagej

【解决方案1】：

skimage.io.imsave 在后台使用tifffile。最近的版本提高了builtins.ValueError: ImageJ hyperstack axes must be in TZCYXS order。要修复此错误，请更新 tifffile，反转数组的维度，然后使用 axes='CYX'：

tifffile.imwrite(
    'Top4cores.tif',
    full_small_image.transpose(),
    imagej=True,
    resolution=(1, 1),
    photometric='minisblack',
    metadata={'spacing': 1, 'unit': 'um', 'axes': 'CYX'}
)

【讨论】：