【发布时间】:2015-12-07 03:33:44
【问题描述】:
我编写了一些代码,尝试使用本文中提到的一系列启发式算法和算法来近似顶点的排名,以最小化反馈弧集/最大化有向图的最大无环子图(最多 n = 100 个节点)论文反馈弧的排序启发式 Set Problem 由德国帕绍大学的 Franz J. Brandenburg 和 Kathrin Hanauer 撰写。
读入的数据是一个邻接矩阵,它被转换为一个 igraph.Graph 实例。
我正在记忆成本函数和筛选函数。这两个函数的参数都是rank(包含顶点排序的元组)和edgeList(包含表示边的元组的元组)。
由于我一次处理多个实例并且顶点由整数表示,我需要确保在处理一个实例(图形)后清除两个函数的缓存,我不完全确定这是否正在发生.我发现了一些 memoize 定时缓存实现并使用 _remove 方法进行 memoize,尽管我一直得到相同的结果。
这是针对今天早些时候(2015 年 12 月 6 日下午 5:00)到期的一个项目,但我和我一样固执,我一直在努力,并希望确保我正确使用 memoize 方法。
附上我用过的相关代码:
@memoize
def cost(rank, edgeList):
rankMap = {}
for i in range(len(rank)):
rankMap[rank[i]] = i
cost = 0
for edge in edgeList:
u, v = edge[0], edge[1]
if rankMap[u] < rankMap[v]:
cost += 1
return cost
class memoize:
"""Gives the class it's core functionality."""
def __call__(self, *args):
if args not in self._memos:
self._memos[args] = self._function(*args)
return self._memos[args]
def __init__(self, function):
self._memos = {}
self._function = function
"""Removes all memos. This is particularly useful if something that affects the output has changed."""
def remove_memos(self):
self._memos = {}
def alg_star(algorithm, costFunc, graph, rank):
edgeList = tuple([i.tuple for i in graph.es()])
while True:
rankPrime = rank
rank = algorithm(tuple(rank), edgeList)
if costFunc(tuple(rank), edgeList) <= costFunc(tuple(rankPrime), edgeList):
break
return rankPrime
@memoize
def sifting(rank, edgeList):
copyRank = list(rank)
rankValues = {}
for node in rank:
rankValues[tuple(copyRank)] = cost(tuple(copyRank), edgeList)
for i in range(1,len(copyRank)):
copyRank[i-1], copyRank[i] = copyRank[i], copyRank[i-1]
rankValues[tuple(copyRank)] = cost(tuple(copyRank), edgeList)
copyRank = list(argMax(rankValues))
return copyRank
# def evaluateFAS(fileNameList):
rankings = []
for fileName in fileList:
print fileName
adjMatrix, incoming, outgoing = fasGraph(fileName)
instance = igraph.Graph.Adjacency(adjMatrix.tolist())
pre_process(instance)
# rank = kss200(instance)
rank = fasAlg(adjMatrix, incoming, outgoing)
rank = alg_star(sifting, cost, instance, rank)
rank = np.array(rank) + 1
rankings.append(rank)
cost.remove_memos() #not sure if working properly
sifting.remove_memos() # not sure if working properly
# return rankings
我们将不胜感激任何帮助和指导。
【问题讨论】:
标签: python algorithm caching igraph memoization