sympy ufuncify 中的参数限制

Question

sympy 库有一个很酷的 ufuncify() 方法，可以将符号表达式转换为 C 代码，对其进行编译，然后输出调用该 C 方法的 lambda 函数。

我做了这个简单的演示，demo.py:

import sympy
from sympy.utilities.autowrap import ufuncify
import sys

N = int(sys.argv[1])
theta = []
values = []
for n in range(N):
    theta.append(sympy.symbols('x%s' % n))
    values.append(n)

summation = sum(theta)
f = ufuncify(theta, summation)
print f(*values)[0]

它适用于小型N：

$蟒蛇演示.py 21 210.0

但对于较大的N，我收到以下错误：

$ python demo.py 22 回溯（最近一次通话最后）： 文件“demo.py”，第 13 行，在 f = ufuncify（θ，求和） ufuncify 中的文件“/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/sympy/utilities/autowrap.py”，第 485 行 return autowrap(C.Equality(y[i], f(*args)), **kwargs) 自动包装中的文件“/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/sympy/utilities/autowrap.py”，第 403 行 return code_wrapper.wrap_code(routine, helpers=helps) wrap_code 中的文件“/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/sympy/utilities/autowrap.py”，第 139 行 self._process_files(例程) _process_files 中的文件“/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/sympy/utilities/autowrap.py”，第 158 行 " ".join(command), e.output)) sympy.utilities.autowrap.CodeWrapError：执行命令时出错：f2py -m wrapper_module_0 -c Wrapper_code_0.f90。命令输出为： 运行构建 运行 config_cc 统一 config_cc、config、build_clib、build_ext、构建命令 -- 编译器选项 运行 config_fc 统一 config_fc、config、build_clib、build_ext、构建命令 --fcompiler 选项 运行 build_src build_src 构建扩展“wrapper_module_0”源 f2py 选项：[] f2py:> /tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/wrapper_module_0module.c 创建 /tmp/tmpKbJQuO 创建 /tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7 读取fortran代码... 读取文件'wrapped_code_0.f90'（格式：免费） 后期处理... 块：wrapper_module_0 块：自动函数 后处理（第 2 阶段）... 构建模块... 构建模块“wrapper_module_0”... 构造包装函数“autofunc”... y_15 = autofunc(x_16,x1,x10,x11,x12,x13,x14,x15,x16,x17,x18,x19,x2,x20,x21,x3,x4,x5,x6,x7,x8,x9,[m_17 ]) 将 C/API 模块“wrapper_module_0”写入文件“/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/wrapper_module_0module.c” 将“/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/fortranobject.c”添加到源。 将 '/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7' 添加到 include_dirs。 复制 /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/f2py/src/fortranobject.c -> /tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7 复制 /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/f2py/src/fortranobject.h -> /tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7 build_src：构建 npy-pkg 配置文件 运行 build_ext 自定义 UnixCCompiler 使用 build_ext 自定义 UnixCCompiler 自定义 Gnu95FCompiler 找到可执行文件 /opt/user/x86_64/gcc-4.7.2/bin/gfortran 自定义 Gnu95FCompiler 使用 build_ext 自定义 Gnu95FCompiler 构建“wrapper_module_0”扩展 编译 C 源代码 C 编译器：gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC 创建 /tmp/tmpKbJQuO/tmp 创建 /tmp/tmpKbJQuO/tmp/tmpKbJQuO 创建 /tmp/tmpKbJQuO/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7 编译选项：'-I/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7 -I/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/include/python2.7 -c' gcc：/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/wrapper_module_0module.c 在 /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1728:0 包含的文件中， 来自/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:17， 来自 /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:15， 来自/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/fortranobject.h:13， 来自/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/wrapper_module_0module.c:18： /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_deprecated_api.h:11:2: 警告：#warning“使用已弃用的 NumPy API，禁用通过#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-Wcpp] /tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/wrapper_module_0module.c:111:12：警告：âpy_sizeâ定义但未使用 [-Wunused-function] gcc：/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/fortranobject.c 在 /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1728:0 包含的文件中， 来自/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:17， 来自 /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:15， 来自/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/fortranobject.h:13， 来自/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7/fortranobject.c:2： /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/numpy/npy_deprecated_api.h:11:2: 警告：#warning“使用已弃用的 NumPy API，禁用通过#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-Wcpp] 编译 Fortran 源代码 Fortran f77 编译器：/opt/user/x86_64/gcc-4.7.2/bin/gfortran -Wall -ffixed-form -fno-second-underscore -fPIC -O3 -funroll-loops Fortran f90 编译器：/opt/user/x86_64/gcc-4.7.2/bin/gfortran -Wall -fno-second-underscore -fPIC -O3 -funroll-loops Fortran 修复编译器：/opt/user/x86_64/gcc-4.7.2/bin/gfortran -Wall -ffixed-form -fno-second-underscore -Wall -fno-second-underscore -fPIC -O3 -funroll-loops 编译选项：'-I/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7 -I/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I /opt/user/x86_64/Python-2.7.3/include/python2.7 -c' gfortran：f90：wrapped_code_0.f90 Wrapped_code_0.f90:1.133: 4、x15、x16、x17、x18、x19、x2、x20、x21、x3、x4、x5、x6、x7、x8、x9、y_15 1 警告：在 (1) 处截断的行 Wrapped_code_0.f90:1.132: 14、x15、x16、x17、x18、x19、x2、x20、x21、x3、x4、x5、x6、x7、x8、x9、y_15 1 错误：(1) 的形式参数列表中出现意外的垃圾 Wrapped_code_0.f90:33.3: 结束子程序 1 错误：在 (1) 处需要 END PROGRAM 语句 错误：“wrapped_code_0.f90”中的文件意外结束 Wrapped_code_0.f90:1.133: 4、x15、x16、x17、x18、x19、x2、x20、x21、x3、x4、x5、x6、x7、x8、x9、y_15 1 警告：在 (1) 处截断的行 Wrapped_code_0.f90:1.132: 14、x15、x16、x17、x18、x19、x2、x20、x21、x3、x4、x5、x6、x7、x8、x9、y_15 1 错误：(1) 的形式参数列表中出现意外的垃圾 Wrapped_code_0.f90:33.3: 结束子程序 1 错误：在 (1) 处需要 END PROGRAM 语句 错误：“wrapped_code_0.f90”中的文件意外结束 错误：命令“/opt/user/x86_64/gcc-4.7.2/bin/gfortran -Wall -fno-second-underscore -fPIC -O3 -funroll-loops -I/tmp/tmpKbJQuO/src.linux-x86_64-2.7 -I/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/opt/user/x86_64/Python-2.7.3/include/python2.7 -c -c Wrapped_code_0.f90 -o /tmp/tmpKbJQuO/wrapped_code_0.o" 失败，退出状态为 1

我怎样才能让它工作？

Answer 1

我在 sympy 邮件列表上发帖并得到了回复。这是一个已在其开发分支中修复的已知错误。这是修复：https://github.com/sympy/sympy/pull/7968

Answer 2

毫无疑问，您在 Sympy 中发现了一个错误，但您可以通过将标志传递给后端来解决它。根据http://docs.sympy.org/latest/modules/utilities/autowrap.html 的文档，ufuncify 将关键字参数传递给自动换行。 autowrap 的 flags 关键字参数看起来很有希望。反过来，f2py（默认后端）具有允许您将标志转发给编译器的选项。

使用 gfortran 作为编译器，我会尝试以下操作：

f = ufuncify(theta, summation, flags='--f90flags="--ffree-line-length-none"')

（目前尚未测试。）

为清楚起见：--f90flags 是 f2py 的一个选项，可用于指定编译器的选项。 --ffree-line-length-none 标志被转发给编译器，并将指示 gfortran 永远不要截断源代码中的行。