【发布时间】：2012-01-23 11:14:54
【问题描述】：
我为phylogenetic tree 比较开发了新算法（系统发育树只是有根的二叉树）。作为输入，我们有两棵树，我们要计算它们的相似度百分比。这类算法的一个例子是here。
但是这些算法中的大多数（我都知道）并没有提供检查算法准确性的好方法。例如，如果您看下图，您会发现 T1 和 T3 之间的相似性比 T1 和 T2 更高。
我需要一种方法来检查其相似性度量的准确性，以确保我的算法比以前的算法更好！！！ （在大多数情况下，人眼并不难，但我不知道如何将其扩展到我的应用程序）
您的有效性度量应该独立于算法。
【问题讨论】：
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如果您提供更多详细信息会很有帮助。例如，您是否有兴趣测量树木形状的相似程度？是否还应考虑相似性或距离测量？
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我不想找到两棵树的相似性度量，实际上我有一个我称之为“A”。我有兴趣找到一种声称“A”比以前的相似性测量更好的方法。例如，我可以制作一棵随机树（例如 T1），通过缓慢地重新排序 T1 的叶子并制作新的树，如 T2、T3、...（例如，对于 T2，我们只能更改两个相邻叶子的位置，但对于 T3我们可以重新排列 4 片叶子的位置并且...）我们还应该观察到 T1 和 T2、T1 和 T3 之间的相似性降低以及...
标签： algorithm tree bioinformatics similarity phylogeny