如何将我的 Python 脚本传递到 Slurm sbatch？答案

【问题标题】：How do I pass my Python script into Slurm sbatch?如何将我的 Python 脚本传递到 Slurm sbatch？
【发布时间】：2021-03-08 14:50:12
【问题描述】：

我已经编写了我的 python 脚本，我打算将它传递到我大学的 Slurm sbatch 系统中进行计算。我编写了一个简短的 shell 脚本，它应该只是将 python 脚本输入到 sbatch 系统中，但是我收到一个错误消息：

python: 无法打开文件 'retrieve.py': [Errno 2] 没有这样的文件或目录

即使在网上阅读了大量有关该系统的信息后，我也不知道该怎么办。 python脚本和shell脚本位于同一个文件夹中，我的shell脚本现在只是说以下内容：

#!/bin/bash

python retrieve.py

一旦我知道脚本文件有效，我打算将更多必要的信息添加到脚本文件中，所以我现在只是希望得到一些帮助来解决这个问题。谢谢！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我猜你没有在错误的目录中。如果没有其他选项，Slurm 作业将使用您提交作业的目录作为工作目录。因此，如果您从另一个文件夹提交可能会出现问题。

要开始调试，您可以将ls 放入您的作业脚本（在python 调用之前）或执行echo $PWD 以确保您位于正确的目录中。

甚至可以使用 sacct -j <JOBID> -o workdir 获取工作的工作目录（如果路径太长并被切断，请添加 -p）。

【讨论】：