如何将 sbatch 与 SLURM 和 makefile 一起使用？答案

【问题标题】：How do I use sbatch with SLURM and a makefile?如何将 sbatch 与 SLURM 和 makefile 一起使用？
【发布时间】：2014-09-30 09:35:50
【问题描述】：

我正在尝试向 SLURM 提交批处理作业，但我不断收到 JobState=FAILED Reason=NonZeroExitCode。我可以在常规 g++ 上很好地编译和运行代码，但我必须使用 SLURM 来完成学校的作业。我以为我在正确地运行它们，我从根目录得到了一个讨厌的语法，告诉我退出在登录节点上运行的脚本。任何帮助，将不胜感激。这是我的批处理文件和我的 Makefile：

#!/bin/bash
#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00
echo "#SBATCH -N1 -n1 --mem-per-cpu=100m -t00:05:00 --qos=test"
cd /home/<username>/AFS/cse_430/Project1/Parallel/
module load gcc/4.9.1
make clean
make all
echo "Running single threaded code..."
./run "SeqCA(57;4,10).txt"
echo "Done experiment. Check log.txt"

生成文件：

EXEC=run    # name of executable is run
CC=g++      # compile with g++
CFLAGS=-std=c++11 -fopenmp -c -Wall 

all: $(EXEC)

$(EXEC): main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o
    $(CC) -fopenmp -o $(EXEC) main.o threeSeq.o fourSeq.o fiveSeq.o 

main.o: main.cpp
    $(CC) $(CFLAGS) main.cpp

threeSeq.o: threeSeq.cpp threeSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) threeSeq.cpp

fourSeq.o: fourSeq.cpp fourSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fourSeq.cpp

fiveSeq.o: fiveSeq.cpp fiveSeq.hpp
    $(CC) $(CFLAGS) fiveSeq.cpp

clean: 
    rm -f *.o
    rm -f $(EXEC)
    rm -f *log.txt

【问题讨论】：

标签： c++ batch-file makefile slurm sbatch

【解决方案1】：

您应该通过以下方式提交您的工作： sbatch jobscript.sh

还要检查来自 slurm 的输出文件，以检查作业执行中的错误。默认情况下，slurm 将 stdout 和 err 存储在 slurm-.out 文件中

【讨论】：

这很奇怪......它说有一个 slurm 输出文件，但它不存在。我上面的脚本名称为 job2.sh，我使用 sbatch job2.sh 提交它。我的程序接收一个输入文件并在其上进行计算。也许这引起了问题？我看过示例脚本，我的看起来是正确的。
您从哪里提交工作？你在哪条路上？该路径应该可以从任何计算节点访问，以便 slurm 能够创建输出文件。
路径在我服务器上的一个文件夹中：hphn1.a2c2.asu.edu/home/<username>/AFS/cse_430/Project1/…
如果路径可以从所有节点访问，一切看起来都很好。提交时可以看到队列中的作业吗？尝试使用“-o”标志指定输出文件
我可以看到它在排队，但是当我打电话给scontrol show job <job number>时它通常只是失败了