在 Linux 中为多个文件运行可执行终端程序以生成多个输出文件

Question

我有一个在 Linux 终端中运行的可执行程序。该程序的工作原理如下：

在终端中，我输入程序的名称。然后它给了我以下提示：输出文件、时间、输入文件、选项等。我正在尝试创建一个脚本来在目录中的所有文件上运行程序。程序给出的所有提示都是相同的，除了输出和输入文件因文件而异。大约有 300 个名为 001h.pdb ... 300h.pdb 的输入文件。我需要输出文件为 001p.acc ... 300p.acc。

(另外，对程序提示的响应是："outputfile", 1, "inputfile", bnl, next, next, allatm, next, next, no.)

什么是合理的 csh 脚本？

Answer 1

听起来像expect 可能就是您要找的东西。见http://linux.die.net/man/1/expect。基本上，您可以编写 expect 脚本以与您需要在您拥有的 300 个文件上运行的程序进行交互，并自动响应程序提示的过程。

Answer 2

我认为这样的事情可能会奏效......

#!/bin/bash

# Loop through all .pdb files
for f in *.pdb
do
   echo DEBUG: Processing $f
   out=${f/h.pdb/p.acc}     # Determine name of output file

   # Echo all parameters needed by program "prog"
   ( echo "$out"
     echo 1
     echo "$f"
     echo bnl
     echo next
     echo next
     echo allatm
     echo next
     echo next
     echo no )  | ./prog
done

将以上内容保存在名为auto的文件中，然后键入以下内容首先更改其模式（从而使其可执行），然后运行它：

chmod +x auto
./auto

根据您是否重视简洁性而不是可读性，您可能更喜欢功能相同的以下内容：

#!/bin/bash

# Loop through all .pdb files
for f in *.pdb
do
   out=${f/h.pdb/p.acc}     # Determine name of output file

   echo DEBUG: Processing $f into $out

   # Echo all parameters needed by program "prog". Note "\n" is a newline
   echo -e "$out\n1\n$f\nbnl\nnext\nnext\nallatm\nnext\nnext\nno" | ./prog
done