在多个输入文件上运行终端程序答案

【问题标题】：Run terminal program on multiple input files在多个输入文件上运行终端程序
【发布时间】：2015-09-22 09:57:20
【问题描述】：

我有一个在终端中运行的 java 程序，它以 .txt 作为输入并写入 .txt 作为输出。我想在 100 个输入文件上运行这个程序。我怎样才能制作一个函数来获取我所有的输入文件并自动运行它们？这是java程序：

java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i IsomiR_235G.txt -db ./DB/ -o Miraligner_235G.txt

这是输入文件的样子，它们仅在_ 和.txt 之间的部分不同

IsomiR_94R.txt
IsomiR_100G.txt
...

【问题讨论】：

标签： java python bash perl awk

【解决方案1】：

将它们放在一个名为inputs 的文件中并执行：

$ cat inputs | head -n2 
IsomiR_94R.txt
IsomiR_100G.txt
$ while read -r input; do
    [ -f "$input" ] && java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i "$input" -db ./DB/ -o "Miralinger_${input#*_}" 
done < inputs

这将逐行读取文件inputs 并在每个输入文件上执行java 脚本。请注意，它们可能不包含使该选项起作用的换行符。文件也应该用换行符分隔。

【讨论】：

-o Miraligner_235G.txt 部分应该依赖于$input
应该输入输入吗？
DMED7013:miraligner robinm$ while -r 读取输入； do [ -f "$input" ] && java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i "$input" -db ./DB/ -o "Miraligner__${input# *_}" ; done
DMED7013:miraligner robinm$ ls DB input.txt miraligner.jar 后处理
不，您将输入文件名放在一个名为 inputs 的文件中。

【解决方案2】：

作为替代方案，这将直接获取文件名，而无需创建中间文件：

for f in IsomiR_*.txt
do
    java -jar miraligner.jar -freq -sub 1 -trim 3 -add 3 -s hsa -i "$f" -db ./DB/ -o "Miraligner${f#IsomiR}" 
done

即使文件名包含空格、制表符或换行符，这也会起作用。

【讨论】：

是的，这可能更容易！好主意！
对不起，@ShellFish 谢谢你的帮助，我学会了输入函数
@BioMan inputs 不是一个函数，它是 read 起作用的魔法。 -- 顺便说一句，无需道歉，这个网站是关于质量，而不是声誉。