在 Python 中从 FASTA 制作 Blast 数据库答案

【问题标题】：Making Blast database from FASTA in Python在 Python 中从 FASTA 制作 Blast 数据库
【发布时间】：2012-02-18 15:38:22
【问题描述】：

我该怎么做？我使用 Biopython 并且已经看过手册。当然，我可以在独立的 NCBI BLAST+ 中使用“makeblastdb”从 FASTA 制作 blastdb，但我想在一个程序中完成整个过程。

似乎有两种可能的解决方案。

查找执行此工作的函数。

我找不到这个。我已经花了一整天了。
在 python 中运行“makeblastdb”。

我在 python shell 中输入了 os.system("C:\blast-2.2.25+\bin\makeblastdb.exe") ，但是我不能给出任何参数。

我该如何解决这个问题？谢谢你的帮助。

【问题讨论】：

作为一个单独的进程调用makeblastdb时你是如何尝试给参数的？

标签： python biopython fasta blast

【解决方案1】：

这是经典的 Blast，但我认为这个想法保持不变。代码是从我的应用程序KimBlast 中提取的。我认为这是不言自明的：

def on_execute_setup(self, evt):
    """on pressing execute button"""
    FORMAT_EXE = os.path.join(self.blastpath, 'bin', 'formatdb')
    fasta = os.path.join(self.dbpath, self.fasta)
    format_filename = self.format_file.rsplit('.', 1)[0] 
    format_filepath = os.path.join(self.dbpath, format_filename)
    format_type = 'T' if self.format_type == 'protein' else 'F' 

    format_cmd = '%s -i %s -p %s -n %s' % (FORMAT_EXE, fasta, 
                                           format_type, format_filepath)
    process = subprocess.Popen(format_cmd,
                                stdout=subprocess.PIPE,
                                stderr=subprocess.PIPE,
                                shell=False)

    (out, err) = process.communicate()

【讨论】：