从blast数据库名称中获取fasta源文件答案

【问题标题】：Get fasta source file from blast database name从blast数据库名称中获取fasta源文件
【发布时间】：2013-06-25 00:28:07
【问题描述】：

我目前正在编写一个使用 Blast 的 -outfmt 10 选项的库，它为您提供 CSV 而不是人类可读的格式。

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tblastn -db dmel_a -query somequery.faa -outfmt 10

问题是，我想访问 db 源文件，以便在处理后提取一些序列。我知道如何做到这一点的唯一方法是使用删除 -outfmt 10 并运行两次爆炸。然后我解析人类可读的输出，显示以下内容：

Database: Source.fas

但是，只有在 makeblastdb 中创建数据库时未指定 title 时才有效。无论如何，outfmt 10 的 stitle 似乎是 fasta 标题行。我不能只查找数据库名称，然后查找 .fna, .fas, .faa，因为您可以将数据库命名为与源文件不同的名称。

还有其他方法可以从blast 数据库名称中提取fasta 源文件吗？我在outfmt 选项列表中没有看到一个。还是我今天瞎了？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

找到了一个基于 Biostar 问题和 blasted bioinformatics 博客文章的解决方案。如果您的 fasta 不完全遵循 NCBI 命名，则需要 Blast+ 2.2.28。

创建爆炸数据库时，使用-parse_seqids 标志。然后用blastdbcmd，就可以提取出一个范围的序列

blastdbcmd -db t/blastTest/dmel -range 1-10 -entry some_seq_id

【讨论】：