给定GI NCBI核苷酸数据库的blast

Question

我有本地数据库驱动的网站，其中包含一些通过其 GI 编号唯一标识的序列。是否可以在给出 GI 的情况下直接链接到“NCBI 爆炸站点”。例如 GI 903049 的序列有这个链接：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/903049

它链接到这个爆炸页面：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Nucleotides&PROGRAM=blastn&QUERY=U22848.1&DATABASE=nr&MEGABLAST=on&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&LINK_LOC=nuccore&PAGE_TYPE=BlastSearch

我想直接链接到这个网站，而不必去 NCBI。谢谢。

Answer 1

你可以使用 ncbi efetch 来下载你所有的 gis：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=903049&rettype=fasta&retmode=text

并运行本地版本的 blast：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download

您也可以询问映泰：http://www.biostars.org/show/questions/