Snakemake：导出 d3dag - MissingInputException

Question

我想以兼容 D3.js 的 JSON 格式导出我的工作流的 DAG：

snakemake.snakemake(snakefile=smfile,
                    dryrun=True,
                    forceall=True,
                    printdag=False,
                    printd3dag=True,
                    keepgoing=True,
                    cluster_config=cluster_config,
                    configfile=configfile,
                    targets=targetfiles)

不幸的是，它抱怨缺少输入文件。

文件丢失的事实是正确的，但我希望它无论如何都能运行，尤其是在将keepgoing 选项设置为True 之后。

有没有一种聪明的方法可以在没有输入文件的情况下导出 DAG？

谢谢， 一月

Answer 1

--keep-going 允许execution of independent jobs if a snakemake job fails。也就是说，snakemake 必须成功开始运行作业。在你的情况下，它永远不会到达那个阶段。我想丢失的输入文件将不允许创建 DAG。