Snakemake：命名方案不一致的 MissingInputException答案

【问题标题】：Snakemake: MissingInputException with inconsistent naming schemeSnakemake：命名方案不一致的 MissingInputException
【发布时间】：2020-09-09 19:35:17
【问题描述】：

我正在尝试使用带有 Minimap2 的 Porechop 处理 MinION cDNA 扩增子，但出现此错误。

MissingInputException in line 16 of /home/sean/Desktop/reo/antisera project/20200813/MinIONAmplicon.smk:
Missing input files for rule minimap2:
8413_19_strict/BC01.fastq.g

我明白错误告诉我什么，我只是明白为什么它没有尝试在它之前制定规则。 Porechop 用于检查所有可能的条形码，如果在目录中找到多个条形码，它将输出多个fastq 文件。但是，由于我知道我在寻找什么条形码，所以我在 config.yaml 文件中创建了一个 barcodes 部分，以便将它们映射在一起。

我认为该错误正在发生，因为我的 Porechop 目标输出与 minimap2 的输入不匹配，但我不知道如何纠正此问题，因为 porechop 可能有多个输出。

我以为我正在为 minimap2 规则的输入文件构建路径，当 snakemake 发现 porechop 输出不存在时，它会成功，但事实并非如此。

这是我目前的管道，

configfile: "config.yaml"
rule all:
    input:
        expand("{sample}.bam", sample = config["samples"])
rule porechop_strict:
    input:
        lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample]
    output:
        directory("{sample}_strict/")
    shell:
        "porechop -i {input} -b {output} --barcode_threshold 85 --threads 8 --require_two_barcodes"
rule minimap2:
    input:
        lambda wildcards: "{sample}_strict/" + config["barcodes"][wildcards.sample]
    output:
        "{sample}.bam"
    shell:
        "minimap2 -ax map-ont -t8 ../concensus.fasta {input} | samtools sort -o {output}"

还有yaml文件

samples: {
  '8413_19': relabeled_reads/8413_19.raw.fastq.gz,
  '8417_19': relabeled_reads/8417_19.raw.fastq.gz,
  '8445_19': relabeled_reads/8445_19.raw.fastq.gz,
  '8466_19_104': relabeled_reads/8466_19_104.raw.fastq.gz,
  '8466_19_105': relabeled_reads/8466_19_105.raw.fastq.gz,
  '8467_20': relabeled_reads/8467_20.raw.fastq.gz,
  }
barcodes: {
      '8413_19': BC01.fastq.gz,
      '8417_19': BC02.fastq.gz,
      '8445_19': BC03.fastq.gz,
      '8466_19_104': BC04.fastq.gz,
      '8466_19_105': BC05.fastq.gz,
      '8467_20': BC06.fastq.gz,
    }

【问题讨论】：

标签： snakemake

【解决方案1】：

首先，您始终可以调试像指定标志--printshellcmds 这样的问题。这将打印 Snakemake 在后台运行的所有 shell 命令；您可以尝试手动运行它们并找到问题。

至于为什么你的规则没有产生任何输出，我的猜测是 samtools 需要明确的文件名或 - 才能使用标准输入：

Samtools 旨在处理流。它涉及输入文件'-' 作为标准输入（stdin）和输出文件'-'作为标准输出（标准输出）。因此可以将几个命令与 Unix 结合使用管道。 Samtools 总是将警告和错误消息输出到标准错误输出 (stderr)。

那就试试吧：

    shell:
        "minimap2 -ax map-ont -t8 ../concensus.fasta {input} | samtools sort -o {output} -"

【讨论】：

感谢您提供有关--printshellcmds 的信息，我不知道这是一件事，并因此发现了一些格式错误，如果没有它，将需要永远解决。我最终玩了params 功能来让它工作。再次感谢您的意见！

【解决方案2】：

所以我不能 100% 确定为什么这种方式有效，我想这与 snakemake 查看目标的方式有关，但这是我找到的解决方案。

rule minimap2:
    input:
        "{sample}_strict"
    params:
        suffix=lambda wildcards: config["barcodes"][wildcards.sample]
    output:
        "{sample}.bam"
    shell:
        "minimap2 -ax map-ont -t8 ../consensus.fasta\
         {input}/{params.suffix} | samtools sort -o {output}"

通过使用snakemake 中的params 功能，我能够将正确的条形码与样本名称相匹配。我不知道为什么我可以把它作为输入本身，但是当我将输入返回到匹配前一个规则的输出时，它就起作用了。

【讨论】：