snakemake envvars 未传递给集群执行（snakemake 抛出错误）答案

【问题标题】：snakemake envvars are not passed to cluster execution (snakemake throws an error)snakemake envvars 未传递给集群执行（snakemake 抛出错误）
【发布时间】：2020-07-29 12:22:46
【问题描述】：

我将envvars 定义为传递给shell 脚本。

envvars:
    "PASS"

如果我忘记在 shell 中指定它们，使用snakemake -n 的试运行会提醒我设置它。执行在我的本地机器上运行良好，但我无法将 envvars 传递给我的集群环境。尽管我设置了环境变量，但在集群执行后我遇到了以下 snakemake 错误。由于 snakemake 错误，该作业永远不会启动。

WorkflowError in line 10 of /home/workflows/Snakefile:
The following environment variables are requested by the workflow but undefined. Please make sure that they are correctly defined before running Snakemake:
PASS
  File "/home/workflows/Snakefile", line 11, in <module>

使用snakemake --jobs 2 --latency-wait 30 --cluster "qsub ..." 执行snakemake 之后。明确指定环境变量没有帮助：snakemake --jobs 2 --latency-wait 30 --cluster "qsub ..." --envvars PASS。

snakemake 是否在最初的snakemake 客户端shell 之外的另一个shell 中再次执行？

【问题讨论】：

ClusterExecutor 表示再次调用了snakemake，但随后没有来自主进程的envvars？

标签： python snakemake

【解决方案1】：

看来您需要添加 flag -V to qsub 以使环境变量可用于 qsub 作业。

-V    Declares that all environment variables in the qsub commands environment are to be exported to the batch job.

【讨论】：

非常感谢！我不知道那个选项...