如何使用 PHP 从距离矩阵中获取集群？答案

【问题标题】：How can I get clusters from distance matrix, using PHP?如何使用 PHP 从距离矩阵中获取集群？
【发布时间】：2018-05-14 15:02:58
【问题描述】：

我将距离矩阵作为二维数组，如下所示：

所以，我需要在它的帮助下找到元素的集群。我可以做到这一点，使用分层聚类，如 k-means。我在这里找到了这样的例子PHP K-Means

如何将我的二维数组转换为点数组，如本例所示？

$points = [
[80,55],[86,59],[19,85],[41,47],[57,58],
[76,22],[94,60],[13,93],[90,48],[52,54],
[62,46],[88,44],[85,24],[63,14],[51,40],
[75,31],[86,62],[81,95],[47,22],[43,95],
[71,19],[17,65],[69,21],[59,60],[59,12],
[15,22],[49,93],[56,35],[18,20],[39,59],
[50,15],[81,36],[67,62],[32,15],[75,65],
[10,47],[75,18],[13,45],[30,62],[95,79],
[64,11],[92,14],[94,49],[39,13],[60,68],
[62,10],[74,44],[37,42],[97,60],[47,73],
];

【问题讨论】：

您能解释一下如何在数学上转换您的数据吗？这可能对我们有帮助

标签： php arrays matrix k-means hierarchical-clustering

【解决方案1】：

首先：吹毛求疵：k-Means 不是层次聚类算法，有关区别的详细信息，请参阅https://www.quora.com/What-is-the-difference-between-k-means-and-hierarchical-clustering。

第二：当您退后一步时，您不想将距离矩阵转换回它的起源点。遗憾的是，您链接的 k-Means 实现只有一个 API，允许您输入原始坐标并假定欧几里得距离，因此您有一些可能性，具体取决于您的要求：

你从哪里得到距离矩阵？如果可能，请获取原始坐标（并确保距离度量是欧几里德距离）并使用您链接的库。
覆盖您链接的库中的 Point 类：特别是 getDistanceWith 方法以从您的矩阵中返回值
如果只需要计算一次集群，使用python和sklearn。这个库正是你想要的。特别是：https://docs.scipy.org/doc/scipy-0.14.0/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.linkage.html
编写您自己的代码：集群是一个相当简单的话题，因此它是一个很好的编码练习。

【讨论】：