根据最大距离从距离矩阵中提取

【问题标题】：extract from distance matrix based on maximum distance根据最大距离从距离矩阵中提取
【发布时间】：2019-02-04 10:37:28
【问题描述】：

我有一个分离株对之间遗传距离的距离矩阵，例如：

structure(c(0, 0.5, 0, 0.5, 0, 0.3, 0, 0.3, 0), .Dim = c(3L, 
3L), .Dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C")))

我已经制作了约 5000 个隔离物的巨大热图，但这对于通过读取标签从中提取有趣区域来说太大了，所以我想过滤我的距离矩阵以获得例如。距离

我的输出可能如下所示：

B    C    0.3

我该怎么做？

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

这样的？

m <- structure(
  c(0, 0.5, 0, 0.5, 0, 0.3, 0, 0.3, 0),
  .Dim = c(3L,
           3L),
  .Dimnames = list(c("A", "B", "C"), c("A", "B", "C"))
)
# we convert matrix m to long format
m2 <-
  matrix(m, dimnames = list(t(outer(
    colnames(m), rownames(m), FUN = paste
  )), NULL))
# and finally we subset it
(vec <- m2[m2[, 1] < 0.5,])
#> A A A C B B B C C A C B C C 
#> 0.0 0.0 0.0 0.3 0.0 0.3 0.0

【讨论】：