R - 如何在时间序列图像中找到掩码内的图像元素？答案

【问题标题】：R - how to find image elements inside a mask in a time series of images?R - 如何在时间序列图像中找到掩码内的图像元素？
【发布时间】：2018-07-04 14:16:53
【问题描述】：

我的 R 脚本加载一个 4 维数据集，它是 3D 医学图像的时间序列。我使用时间序列创建一个掩码，用于排除每个时间点值为 0 的体素（3 维像素）：

voxels[is.na(voxels)]=0;             # just get rid of unusable data
mask=rowSums(voxels,dims=3);         # 3D image that is the sum over time
mask=(mask!=0);                      # make binary

所以要在我想要做的掩码内的索引处找到每个时间点的值：

indices=which(mask!=0);              # find the positions of nonzeroes in the mask
voxelsfound=voxels[indices];         # find the values in the images at those positions

但这给了

 > length(indices)
 [1] 20483
 > length(voxelsfound)
 [1] 20483

所以只有第一个时间点的结果。有没有类似的方法来制定这个，以便它也返回其他时间点（我的想法是voxelsfound=voxels[indices,]，但这不起作用），还是只能使用 for 循环或类似的循环？

在 Python 中，我会做这样的事情（使用 m 代表 mask 和 v 代表 voxels），使用 nonzero 函数立即访问索引：

m = m.reshape(np.prod(m.shape));    
v = v.reshape(np.prod(m.shape),v.shape[3]);
v = v[:,np.nonzero(m)].squeeze();

【问题讨论】：

标签： arrays r multidimensional-array indexing nifti

【解决方案1】：

我相信您正在寻找的是：

mask <- which(rowSums(voxels, dims=3) != 0, arr.ind=T)
apply(voxels, 4, `[`, mask)

【讨论】：

太棒了——就是这样！它看起来不像应该工作的东西，一个没有关闭的左括号？
好吧，注意括号周围的反引号——它们很重要，表示括号被引用（因此不受括号匹配的通常语法规则的约束，但是而是作为符号处理）。基本上，`[` 是用于下标的原语的名称，在某种意义上，x[1] 和 `[`(x, 1) 是等价的（`[[` 也是如此）。
换句话说，你也可以写apply(voxels, 4, function (voxel) voxel[mask])这样的东西。
感谢您抽出宝贵时间回答。在您的示例中是 4（不是 3），因为索引从 0 开始？掩码变量本身是一个 3d 数组。
再次感谢——仍然习惯了这个符号。我想我是在rowSums 命令中被dims=3 抛出的，假设这表明要求和的维度。只需阅读 rowSums (dims+1) 和 colSums (1:dims) 中对 dims 的解释即可。现在一切都清楚了。