Pinhiero 和 Bates 的非线性混合效应模型的模型失败答案

【问题标题】：Model failure for nonlinear mixed-effects model from Pinhiero and BatesPinhiero 和 Bates 的非线性混合效应模型的模型失败
【发布时间】：2018-12-26 04:32:15
【问题描述】：

我一直在研究 Pinhiero 和 Bates 的 S 和 S-Plus 中的混合效果模型，并发现了使书中的模型正常工作的许多问题。

最新的是，使用常数加幂函数对Theo 数据集中的异方差组内误差进行建模（p.393）。错误出现在模型构建练习的最后。前三个模型在 R 中工作，但最后一个不工作

library(nlme)
fm1Theo.nlme <- nlme( model = conc ~ SSfol(Dose, Time, lKe, lKa, lCl), 
                      data = Theoph,
                      fixed = lKe + lKa + lCl ~ 1,
                      random = lKe + lKa + lCl ~ 1)
fm2Theo.nlme <- update(fm1Theo.nlme, random = pdDiag(list(lKe ~ 1, lKa ~ 1, lCl ~ 1)))
fm3Theo.nlme <- update(fm2Theo.nlme, random = pdDiag(list(lKa ~ 1, lCl ~ 1)))
fm4Theo.nlme <- update(fm3Theo.nlme, weights = varConstPower(power=0.1))

...产生错误信息

Error in eigen(val, only.values = TRUE) : 
  infinite or missing values in 'x'
In addition: Warning messages:
1: In nlminb(c(coef(nlmeSt)), function(nlmePars) -logLik(nlmeSt, nlmePars),  :
  NA/NaN function evaluation
2: In nlminb(c(coef(nlmeSt)), function(nlmePars) -logLik(nlmeSt, nlmePars),  :
  NA/NaN function evaluation
3: In nlminb(c(coef(nlmeSt)), function(nlmePars) -logLik(nlmeSt, nlmePars),  :
  NA/NaN function evaluation
4: In nlminb(c(coef(nlmeSt)), function(nlmePars) -logLik(nlmeSt, nlmePars),  :
  NA/NaN function evaluation

谁能解释一下这条信息，以及我如何让它发挥作用？

【问题讨论】：

标签： r nlme

【解决方案1】：

看起来应该是正数的东西在优化过程中变成了负数：sqrt 和 log 等函数在应用于负数时返回 NaN。在没有深入挖掘的情况下，我试图研究方差模型，它应该返回正值。为const 设置更高的初始值可以解决问题：

fm4Theo.nlme <- update(fm3Theo.nlme, weights = varConstPower(const = 0.5, power = 0.1))

【讨论】：

再次感谢@Julius Vainora。似乎非线性模型比线性模型涉及更多的调整。你是从哪里学到这一切的？顺便说一句，我刚刚发布了同一本书中的另一个模型，它也未能收敛。
@llewmills，真的没有具体的地方，我的背景是计量经济学/统计，所以我想这就是一切。当然，经常有相当多的试验和错误。在您的情况下，fm4Theo.nlme 与 fm3Theo.nlme 相比仅添加了此方差模型（因此是主要嫌疑人），它具有参数并且必须返回正值。然后我在 varConstPower 中找到了另一个参数。所以，一个事情导致了另一个。
希望您的解决方案能帮助其他人在 R 中完成这本书