使用 nlme 运行 gls 时出错答案

【问题标题】：Error while running gls with nlme使用 nlme 运行 gls 时出错
【发布时间】：2016-10-03 16:15:38
【问题描述】：

我正在尝试运行 gls 函数，但我不断收到此错误消息：

"model.frame.default(公式 = ~var + FS, data = list(MINBIO15 = c(37L, : 对象不是矩阵”

我的数据如下所示：

                        MINBIO15  MAXBIO15  FS
Achyranthes_aspera         37      117      0
Achyropsis_avicularis      28      86       0
Alternanthera_adscendens  -999    -999      -999
Alternanthera_brasiliana   33      119      0
Alternanthera_caracasana   35      109      1
Alternanthera_cinerella    105     120      1
...

我的脚本是：

>tree<-read.tree ("tree.phy")
>clima<-read.table("mydata.txt",header=TRUE,na.strings=-999)
>clima<-na.omit(clima)
>match.phylo.data(tree, clima)
>var=(clima$MINBIO15)
> result.br <- gls(var ~ FS, clima, correlation=corBrownian(phy=tree),method="REML")

数据和树提示完美匹配，我的数据是一个数据框

或许你可以给一些建议？

【问题讨论】：

欢迎来到 Stack Overflow！ (1) 您可以尝试gls(MINBIO15 ~ FS, clima, ...) (2) 您能否提供数据，以便为我们提供reproducible example ？

标签： r nlme

【解决方案1】：

看起来gls 需要在data 参数中引用其所有数据值。你没有给出一个完全可重现的例子，但显然没关系。如果我在上面读到你的缩写数据集，使用na.omit()，定义var，然后

gls(var~FS,clima)

我得到了和你一样的错误。如果我在数据框中使用变量的名称 (MINBIO15)：

gls(MINBIO15~FS,clima)

我得到了明显合理的结果。

预测您的下一个问题：如果您想使用不同的响应变量运行相同的回归，您可以使用类似

varname <- "MINBIO15"
form <- reformulate("FS",response=varname)
gls(form,clima, ...)

【讨论】：