在 r 的 nlme 中使用权重选项时出错答案

【问题标题】：Error while using the weights option in nlme in r在 r 的 nlme 中使用权重选项时出错
【发布时间】：2022-11-12 10:04:39
【问题描述】：

抱歉，这是来自https://stats.stackexchange.com/questions/593717/nlme-regression-with-weights-syntax-in-r 的交叉发布，但我认为将其发布在此处可能更合适。

我正在尝试拟合功率曲线来模拟nlme 中的一些观察结果。但是，我知道一些观察结果不如其他观察结果可靠（每个OBSID 的可靠性反映在虚拟数据中的WEIV 中），相对独立于方差，我事先对此进行了量化，并希望将其作为权重包含在我的模型。此外，我知道我的一部分方差与我的自变量相关，所以我不能直接使用方差作为权重。

这是我的模型：

coeffs_start = lm(log(DEPV)~log(INDV), filter(testdummy10,DEPV!=0))$coefficients

nlme_fit <- nlme(DEPV ~ a*INDV^b, 
                      data = testdummy10,
                      fixed=a+b~ 1, 
                      random = a~ 1, 
                      groups = ~ PARTID, 
                      start = c(a=exp(coeffs_start[1]), b=coeffs_start[2]),
                      verbose = F,
                      method="REML",
                      weights=varFixed(~WEIV))

这是一些示例虚拟数据（我知道它不是很合适，但无论如何它都是假数据）：https://github.com/FlorianLeprevost/dummydata/blob/main/testdummy10.csv

这在没有“权重”参数的情况下运行良好，但是当我添加它时，我得到了这个错误，我不知道为什么，因为我相信它是正确的语法：

Error in recalc.varFunc(object[[i]], conLin) : 
dims [product 52] do not match the length of object [220]
In addition: Warning message:
In conLin$Xy * varWeights(object) :
longer object length is not a multiple of shorter object length

提前致谢！

【问题讨论】：

标签： r mixed-models weighted nlme

【解决方案1】：

这看起来像 nlme 中的 very long-standing bug。我在 Github 上有一个补丁版本，您可以通过remotes::install_github() 安装它，如下所示...

remotes::install_github("bbolker/nlme")
testdummy10 <- read.csv("testdummy10.csv") |> subset(DEPV>0 & INDV>0)
coeffs_start <- coef(lm(log(DEPV)~log(INDV), testdummy10))
library(nlme)
nlme_fit <- nlme(DEPV ~ a*INDV^b, 
                      data = testdummy10,
                      fixed=a+b~ 1, 
                      random = a~ 1, 
                      groups = ~ PARTID, 
                      start = c(a=exp(coeffs_start[1]),
                                b=coeffs_start[2]),
                      verbose = FALSE,
                      method="REML",
                      weights=varFixed(~WEIV))
packageVersion("nlme") ## 3.1.160.9000

【讨论】：