报告 R 包中的 tex2docx 函数出错答案

【问题标题】：Error with tex2docx function from reports R package报告 R 包中的 tex2docx 函数出错
【发布时间】：2013-07-27 11:39:50
【问题描述】：

我正在尝试在 reports R 包中重现 tex2docx 函数的示例并收到以下错误。

DOC <- system.file("extdata/doc_library/apa6.qual_tex/doc.tex",
   package = "reports")
BIB <- system.file("extdata/docs/example.bib", package = "reports")
tex2docx(DOC, file.path(getwd(), "test.docx"), path = NULL, bib.loc = BIB)

错误信息

pandoc.exe: Error reading bibliography `C:/Users/Muhammad'
citeproc: the format of the bibliographic database could not be recognized
using the file extension.
docx file generated!
Warning message:
running command 'C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Pandoc\pandoc.exe -s C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/3.0/reports/extdata/doc_library/apa6.qual_tex/doc.tex -o C:/Users/Muhammad Yaseen/Documents/test.docx --bibliography=C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/3.0/reports/extdata/docs/example.bib' had status 23

我想知道如何让reports R 包中的tex2docx 函数正常工作。

【问题讨论】：

我强烈怀疑您的文件路径中有空格问题。不过，除了在没有空格的文件路径中进行测试之外，不知道如何修复它。
你说得对@BenBolker，我的文件路径有空格。任何解决方法。
你也许可以破解包，让它在命令参数的相关组件周围加上引号。
您可以 ping @tyler-rinker 以在 github.com/trinker/reports/blob/master/R/tex2docx.R 中添加 shQuote
我实际上不确定如何执行shQuote，但如果这能解决问题，我将非常感谢有人提出请求。即使您更正了它，我也可以完成该文件中的其余功能。

标签： r report docx tex

【解决方案1】：

如上述 cmets 所述，错误是由传递的文件名/路径引起的，其中包括一些既未转义也未引用的空格。一种解决方法是在使用system 传递到命令行之前将所有文件路径和名称包装在shQuote 中。

代码：https://github.com/trinker/reports/pull/31

演示：

加载包
```
library(reports)
```

创建一个名称中带有空格的虚拟目录，用于保存bib 文件

dir.create('foo bar')
file.copy(system.file("extdata/docs/example.bib", package = "reports"), 'foo bar/example.bib')

指定源和复制的bib文件：

DOC <- system.file("extdata/doc_library/apa6.qual_tex/doc.tex", package = "reports")
BIB <- 'foo bar/example.bib'

运行测试：

tex2docx(DOC, file.path(getwd(), "test2.docx"), path = NULL, bib.loc = BIB)

免责声明：我试图测试这个拉取请求，但我无法设置一个包含所有需要的工具的环境，以便在 5 分钟内运行 R CMD check 和其他所有内容（抱歉，但是现在正在度假，午餐后只是享受午睡），所以请将此拉取请求视为“未经测试”——尽管它应该有效。

【讨论】：

我合并了拉取请求。非常感谢。我查看了您使用shQuote 的方式和原因，我想我明白了。再次感谢。我构建了包并测试了示例，它可以工作（尽管路径中没有空格，所以 MYaseen208 必须进行测试）。开发版可以通过指令here下载。
我将此添加到NEWS 文件中。我使用了 daroczig 的实际名称，但是，MYaseen208 我使用了您的 stackoverflow 句柄。如果您想使用您的姓名，请给我发送电子邮件。
感谢@daroczig 和@Tyler Rinker 的帮助。您提供的代码在我的机器上仍然出现错误。错误消息是pandoc.exe: Error reading bibliography foo citeproc: the format of the bibliographic database could not be recognized using the file extension. docx file generated! Warning message: running command 'C:\Users\MUHAMM~1\AppData\Local\Pandoc\pandoc.exe -s C:/Users/Muhammad Yaseen/R/win-library/3.0/reports/extdata/doc_library/apa6.qual_tex/doc.tex -o C:/Users/Muhammad Yaseen/Documents/test2.docx --bibliography=foo bar/example.bib' had status 23。
如果你运行reports:::wheresPandoc()会发生什么？
@TylerRinker：使用reports:::wheresPandoc() 给了我pandoc "C:\\Users\\MUHAMM~1\\AppData\\Local\\Pandoc\\pandoc.exe"。