Snakemake 报告：在报告中包含 html 报告

Question

我正在尝试在我的蛇形报告中包含一个（子）报告，它是某个目录中的一个 html 文件，其中包含同一目录中的各种图像。有没有一种很好的方法来使用标准的蛇形报告进行这种嵌入？

使用指令：

output:
    report("reports/somestats.html", category = "someCat")

我设法获得了蛇形报告中“结果”下列出的 html 文件。

但是，如果我点击它，我的浏览器 (firefox) 会询问我如何处理该文件，如果我告诉它用浏览器打开它，它就会打开：

file:///tmp/mozilla_xxx/yyy.html

但是 html 文件中的相对链接都被破坏了，并且没有显示图像。

我可以将所有图像直接包含在 snakemake 报告中，但这似乎适得其反，因为用于生成我要嵌入的 html 的工具已经很好地格式化了所有内容。

Answer 1

一个快速的解决方法可能是在您引用图像的任何地方使用os.path.abspath()。这假设您可以控制在 somestats.html 中创建的（图像）链接。