尝试使用 R 上的报告包生成注释时出错答案

【问题标题】：Error trying to generate notes with reports package on R尝试使用 R 上的报告包生成注释时出错
【发布时间】：2013-09-15 13:44:52
【问题描述】：

我正在尝试为报告包 https://github.com/trinker/reports/ 生成注释，并按照 youtube 视频 http://goo.gl/x9ulf0 中的步骤进行操作。我确实运行了 Tyler 那里的块 http://goo.gl/XHouuc 但是当我尝试生成注释时，我不断收到以下错误消息：

> notes()
Error in value[[3L]](cond) : 

Possible causes:

1) The main file directory is not set as the working directory
2) ~/ARTICLES/notes.xlsx or ~/ARTICLES/notes.csv does not exist

然后我尝试将我的工作目录设置到不同的位置，甚至将 ARTICLES 目录移动到我的主 ~ 目录，但无论我将 wd 放在哪里，我都会收到完全相同的消息。我阅读了 notes 函数的源代码，但无法弄清楚问题可能出在哪里。 notes2 函数也给了我同样的错误

这是我的会话信息：

> sessionInfo()
R version 3.0.1 (2013-05-16)
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitcitations_0.4-7  bibtex_0.3-6         knitr_1.4.1          slidifyLibraries_0.3
[5] slidify_0.3.52       reports_0.2.0       

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] digest_0.6.3   evaluate_0.4.7 formatR_0.9    httr_0.2       markdown_0.6.3
 [6] RCurl_1.95-4.1 rJava_0.9-4    stringr_0.6.2  tools_3.0.1    whisker_0.3-2 
[11] xlsx_0.5.1     xlsxjars_0.5.0 XML_3.95-0.2   xtable_1.7-1   yaml_2.1.8

对可能出现的问题有什么想法吗？

【问题讨论】：

我可以复制问题，我知道问题是什么，但不知道如何解决。我试图在导入函数时变得更干净。我在文档中使用@importFrom xlsx read.xlsx。显然，我需要包含更多内容，因为如果您显式加载 library(xlsx)，则 notes() 函数有效。 Ricardo 这是一个临时解决方案，但我需要一个永久解决方案来解决如何从 xlsx 正确导入 ..
PS 您可能想查看更新的视频：youtube.com/watch?v=ArHQjQyIS70 以及包装的 Vignette：dl.dropboxusercontent.com/u/61803503/packages/…

标签： r bibtex r-markdown reproducible-research

【解决方案1】：

@Ricardo Pietrobon 感谢您提请我注意。

好的，问题是 xlsx 包依赖 Depends 而不是 Imports 来加载从 rJava 包对.jnew 的调用。这意味着如果您使用了library(xlsx)，那么read.xlsx 可以正常工作，但是如果仅通过命名空间附加read.xlsx，则不会调用rJava 的.jnew。因此错误。这得到证实，xlsx 的 NAMESPAE 文件包含：

import("xlsxjars")    
exportPattern("^[^\\.]")

这成了一个问题，因为 CRAN 最近需要更严格的检查，我开始使用 importFrom 而不是 import 并依赖于 Depends。实际上，我收到了 Brian Ripley 教授关于依赖 Depends 的警告。当时我不明白，但听了。我现在完全明白他在说什么了。

目前我已将rJava 添加到DESCRIPTION 文件的Depends 字段中。这会在 CRAN 检查中引发注释，因为我依赖但不导入，并且需要在 xlsx 更新后删除。

我在下面的链接中打开了一个关于 xlsx 包的问题。希望这很快得到修复并上传。与此同时，notes() 应该可以正常运行。

https://code.google.com/p/rexcel/issues/detail?id=24&thanks=24&ts=1379267751

我为此打开了issue at report's GitHub，因为我相信最初的问题已经解决，可以直接联系there。

【讨论】：