r igraph - 绘制社区并有选择地突出一些

Question

（Here 与我的问题类似。我正在使用@Slow loris 在他的优秀答案中提供的示例）

我正在尝试绘制igraph 社区，但仅突出显示选定的社区。我该怎么做？

library(igraph)

# Generate random graph and community structure
set.seed(23)
temp <- sample_gnm(15, 45)
wctemp <- walktrap.community(temp)

# Plot
par(mfrow=c(1,2), mar=rep(1,4))
layout <-layout.fruchterman.reingold(temp)
plot(wctemp, temp, layout=layout, vertex.label=NA, vertex.size=5,  edge.arrow.size=.2)
# Change colors of nodes, polygons, and polygon borders
new_cols <- c("white", "red", "black")[membership(wctemp)]
plot(wctemp, temp, col=new_cols, mark.border="black", mark.col=c("tan", "pink", "lightgray"), 
     layout=layout, vertex.label=NA, vertex.size=5, edge.arrow.size=.2)

在这个例子中，我改变了可以改变社区的颜色，但没有选择要突出显示的社区。预期的解决方案仅突出显示选定的社区，例如第一个和第三个社区。有需要吗？

Answer 1

我认为您的意思是您不希望组 2 周围的多边形。您可以通过将 mark.border 和 mark.col 设置为 NA 来获得此效果。

plot(wctemp, temp, col=new_cols, mark.border=c("black", NA, "black"), 
     mark.col=c("tan", NA, "lightgray"), 
     layout=layout, vertex.label=NA, vertex.size=5, edge.arrow.size=.2)

加法：

根据 cmets，我推测您有一个集群列表要突出显示并希望从该列表中工作。只需为“未突出显示”（我使用“深灰色”）选择一个点颜色，并将多边形颜色设置为 NA（突出显示的社区除外）。

ToHighlight = c(1,3)

PCol = rep("darkgray", length(unique(wctemp$membership)))
PCol[ToHighlight] = rainbow(length(ToHighlight))
new_cols <- PCol[membership(wctemp)]

HCol = rep(NA, length(unique(wctemp$membership)))
HCol[ToHighlight] = rainbow(length(ToHighlight), alpha=0.15)

plot(wctemp, temp, col=new_cols, mark.border=HCol, mark.col=HCol, 
     layout=layout, vertex.label=NA, vertex.size=5, edge.arrow.size=.2)