在 iGraph 中绘制社区

Question

我想重现本文第 6 页上的那种“社区摘要”图表： http://arxiv.org/pdf/0803.0476v2.pdf

首先在图上使用社区算法，例如：

  wc <- walktrap.community(subgraph)
  mc <- multilevel.community(subgraph)

然后根据社区对顶点进行分组。社区节点的大小是成员大小的函数，边宽是从社区 A 的任何成员到社区 B 的总边的函数。

请注意我不只是想像这样将社区编码为颜色或凸包：

V(inSubGraph)$color <- commObj$membership+1
plot.igraph( inSubGraph, vertex.color = V(inSubGraph)$color)

或使用凸包：

 plot(commObj, inSubGraph) 

Answer 1

将contract.vertices函数与社区检测方法提供的成员向量一起使用，然后是simplify。特别是：

1. 为每个顶点分配一个值为 1 的数字顶点属性，如下所示：V(g)$size = 1

2. 为每条边分配一个值为 1 的数字边属性，如下所示：E(g)$count = 1

3. 将社区收缩为顶点，如下所示：comm.graph <- contract.vertices(g, wc$membership, vertex.attr.comb=list(size="sum", "ignore"));基本上，这指定应该对正在收缩的顶点的size 属性求和，并且应该忽略所有其他顶点属性。 （有关更多详细信息，请参阅 R 中的 ?attribute.combination）。此调用收缩顶点但保留原始边，因此您现在在顶点之间的边与社区之间的原始图中的边一样多。

4. 折叠多个边如下：comm.graph <- simplify(comm.graph, remove.loops=FALSE, edge.attr.comb=list(count="sum", "ignore"))。

您现在有一个名为comm.graph 的图，其中顶点表示原始图的社区，size 顶点属性对应于原始图中每个社区中的顶点数，count 边属性对应于原始图中社区之间的边数。