使用 python igraph 绘制社区

Question

我在 python-igraph 中有一个图表 g。我可以通过以下方式获得VertexCluster 社区结构：

community = g.community_multilevel()

community.membership 给了我一个图表中所有顶点的组成员列表。

我的问题很简单，但我还没有找到关于 SO 的特定于 python 的答案。如何绘制具有社区结构可视化的图表？最好是PDF，比如

layout = g.layout("kk")
plot(g, "graph.pdf", layout=layout) # Community detection?

非常感谢。

Answer 1

layout、graph 和 VertexCluster 中的顶点保持有序，因此您可以执行以下操作：

找出社区结构中的社区数量：

>>> max(community.membership)
10

然后用max + 1 独特的颜色创建一个列表/字典（可能不是像下面这样手动）：

>>> color_list = [
...     'red',
...     'blue',
...     'green',
...     'cyan',
...     'pink',
...     'orange',
...     'grey',
...     'yellow',
...     'white',
...     'black',
...     'purple'
... ]

然后，使用列表推导，根据每个顶点的组成员资格创建一个包含每个顶点颜色的列表，并将其分配给vertex_color：

plot(g, "graph.png", layout=layout,
     vertex_color=[color_list[x] for x in community.membership])

结果（太漂亮了！）

Answer 2

您可以将 VertexClustering 对象直接传递给绘图函数；它会自动绘制底层图形，并自动为集群选择颜色。可以像往常一样在 layout=... 关键字参数中指定所需的布局。

Answer 3

使用mark_groups 绘制社区的好方法如下：

---

示例：

from igraph import *
import random
random.seed(1)


g = Graph.Erdos_Renyi(30,0.3)
comms = g.community_multilevel()


plot(comms, mark_groups = True)

---

这会导致以下结果：

希望这会有所帮助。