没有排序和树状图的热图答案

【问题标题】：heatmap without ordering and dendrogram没有排序和树状图的热图
【发布时间】：2013-09-22 11:15:06
【问题描述】：

我有一个包含 2 列和 100 万行的文件！我只想在没有任何排序的情况下绘制它们，因为我对数据进行了排序。如何在没有任何树状图和重新排序的情况下使用 heatmap.2 制作热图？

当我使用时

heatmap.2(x, dendrogram="none")

Error: cannot allocate vector of size 4660.6 Gb

但是

我试过没有"Rowv"

heatmap.2(x, Rowv=FALSE) 

Warning message:
In heatmap.2(x, Rowv = FALSE) :
  Discrepancy: Rowv is FALSE, while dendrogram is `column'. Omitting row dendogram.

【问题讨论】：

你没有提供很多细节，但也许 heatmap1 包中的函数 NeatMap 可能是你所追求的。或者image 可能是基本安装的一部分。这些可以创建一个普通的热图。
我认为 heatmap.2 包装了image。
heatmap.2 来自哪里？

标签： r heatmap

【解决方案1】：

我认为你有两个论点，你只需要把它们放在一起。

# Generate some sample data.
n<-1e6*2
m<-matrix(rnorm(n),ncol=2)
# Plot heatmap without reordering or dendrogram.
heatmap.2(m,dendrogram='none', Rowv=FALSE, Colv=FALSE,trace='none')

很难想象像这样绘制这么多数据什么时候会有用，但也许你有什么想法。

【讨论】：