相似矩阵上的树状图和热图答案

【问题标题】：Dendrogram and heatmap on similarity matrix相似矩阵上的树状图和热图
【发布时间】：2018-09-16 21:53:36
【问题描述】：

我已经为我的数据的成对比较计算了一个相似度矩阵，我想使用层次聚类和热图来可视化数据。

热图不是问题，但对于层次聚类，它似乎是在对我的相似度矩阵进行距离矩阵（我正在使用包aheatmap，如果这会改变事情），然后进行聚类。

在热图图旁边指定它已经是基于该数据的相似性矩阵和聚类的最佳方法是什么？

谢谢！

【问题讨论】：

我不确定我是否明白你在问什么。你是说你将相似度矩阵传递给pheatmap 函数来做另一个相似度矩阵？我认为这行不通。你不能在函数中这样做，指定你想要的距离方法吗？如果我的假设不正确，您能澄清一下吗？
不，我想阻止包从我已经传递给它的相似度矩阵中创建一个相似度矩阵。如果我误认为它实际上并没有这样做，请告诉我！

标签： r heatmap hierarchical-clustering dendrogram

【解决方案1】：

您应该能够将您的配对指定为aheatmap。我用iris 包试了一下。

NMF::aheatmap(iris[, 3:4]) # The default uses euclidean
NMF::aheatmap(iris[, 3:4], Rowv = 'manhattan', Colv = 'euclidean') # Specify what type of distance method to use on rows, and columns.

它还说您可以将外部集群传递给它。有关更多信息，请参阅 ?NMF::aheatmap 帮助文件。

hc <- hclust(dist(x, method = 'minkowski'), method = 'centroid')
aheatmap(x, Rowv = hc, info = TRUE)

【讨论】：