R：哪个热图/图像可以在没有任何树状图的情况下获得行排序图？答案

【问题标题】：R: Which heatmap/image to get row-sorted plot without any dendrogram?R：哪个热图/图像可以在没有任何树状图的情况下获得行排序图？
【发布时间】：2012-05-20 16:23:26
【问题描述】：

哪个包最适合仅对行排序的热图/图像，但不显示任何树状图或其他视觉混乱（只是一个二维彩色网格，两个轴上都有自动命名标签） .除了基本的数字排序，我不需要花哨的聚类。数据是我想要可视化的范围 (0,0.21) 内的 39x10 数字表。

我搜索了 SO（参见 this）和 R 站点，并尝试了一些。查看R Graphical Manual 以查看出色的可搜索屏幕截图和相应软件包列表。

软件包的范围令人困惑——哪一个是首选的热图（例如 ggplot2 是用于大多数其他绘图的）？以下是我目前发现的：

base::image - 不好，轴上没有名称标签，没有排序/聚类
base::heatmap - 选项比以下选项更难理解：
pheatmap::pheatmap - 很棒，但似乎无法关闭树状图？（任何黑客？）
ggplot2 people use geom_tile, as Andrie points out
gplots::heatmap.2，ref - 似乎受到生物技术人员的青睐，但对我的目的来说太过分了。（不与 ggplot* 或 Wickham 教授的关系）
plotrix::color2D.matplot 也存在

base::heatmap 很烦人，即使使用 args heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) 它仍然会在行上绘制不需要的树状图。

现在我将使用 pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) 并手动预排序我的表，就像这个人：Order of rows in heatmap?

附录：要显示每个单元格内的值，请参阅：display a matrix, including the values, as a heatmap。我不需要那个，但它很好。

【问题讨论】：

我不完全确定你在问什么。您是在问如何在 ggplot 中制作热图吗？如果是这样，您需要使用geom_tile()
@Andrie：我只是在问你们都推荐哪个包（我如何在没有聚类的情况下进行排序？没有树状图？）。我不认为 ggplot2 可以做热图，但是在你提到 geom_tile 之后我发现learnr article.
如果你只是想排序，为什么不使用sort()？
（我知道如何手动排序，但我认为我们可以通过一些热图 fns 免费获得它。）不管怎样，您为我的用例推荐哪个包？
我将使用hclust 或kmeans 进行聚类，或者仅使用sort，然后使用ggplot2 进行绘图。

标签： image r heatmap

【解决方案1】：

使用pheatmap，您可以使用选项treeheight_row 和treeheight_col 并将它们设置为0。

【讨论】：

【解决方案2】：

只是您没有提到的另一个选项...package bipartite，就像您说的那样简单

library(bipartite)
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3)
rownames(mat)<-c("a","b","c")
colnames(mat)<-c("a","b","c")
visweb(mat,type="nested")

【讨论】：

这里是bipartite:visweb的截图。看起来不错，不知道如何重新利用额外的标记选项来实现其生物学目的。