R中的“pheatmap”中没有边框颜色答案

【问题标题】：No border color in "pheatmap" in RR中的“pheatmap”中没有边框颜色
【发布时间】：2017-06-01 23:41:17
【问题描述】：

我正在探索 R 来分析我的基因表达数据。

我可以使用pheatmap 包创建漂亮的热图。但是，在不同颜色的框之间转换时，它会自动引入我在放大后可以看到的边框颜色。尽管添加了属性border_color = "NA"。是否有可能获得不断变化的热图？谢谢。

我的代码：

 pheatmapM <-pheatmap(datExprM, border_color = "NA", breaks = NULL, color = colorRampPalette(c("navy", "black", "yellow"))(50), cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE, scale = "row")

如下图所示（放大后），相邻的方框被浅色隔开。

【问题讨论】：

试试border_color = NA 不加引号？
已经试过了，不行。
border_color = NA 和 border_color = "NA" 对我来说都很好
实际上它可以在 Windows 计算机上运行，但不能在我的 Mac 上运行。很奇怪。
我遇到了完全相同的问题。你有想过吗？我什至正在编辑 svg 文件，由于某种原因，svg 渲染器仍然显示边框，并将 stroke 属性设置为 none。

标签： r pheatmap

【解决方案1】：

您可以为每个单元格单独编辑边框颜色，这可用于解决此问题。确切的解决方案将取决于您的 pheatmap 对象的确切组成。

首先，获取存储在热图中的 grobs（图形对象）的名称。您将需要获取与热图的各个矩形（单元格）相对应的那个。对我来说，这是gTree 的第一个类，但试着看看哪一个适合你。这就是我提取 grob 名称的方式：

grob_classes <- purrr::map(pheatmapM$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]

接下来，我们需要找到一个矩形 grob，它是我们刚刚找到的 gTree grob 的子对象，如下所示：

grob_names <- names(pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

现在，您可以从这个嵌套的 grob 中提取图形参数：fill（确定每个单元格的实际填充颜色）和col（确定边框颜色）。默认情况下，col 是单个值，而 fill 是十六进制代码矩阵。当我将col 替换为fill 中存储的内容时，就像这样...

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill

...这相当于消除了边框，因为它现在与填充颜色相同。为了额外确保单元格之间没有间隙，请增加边框厚度。

pheatmapM$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

据我估计，在您的特定pheatmap 中识别正确的idx_grob 或idx_rect 可能会出现潜在问题。出于这个原因，我提供了一个可重现的示例（在 macOS 上运行 R 4.0.3 和 pheatmap 1.0.12），它实现了您可以用来开始的所需结果（没有边界以及单元格之间没有间隙）：

set.seed(1)

## Generate sample data
x <- table(round(rnorm(500, 100, 2)), round(rnorm(500, 100, 2)))
ph <- pheatmap::pheatmap(x, cluster_cols = FALSE, cluster_rows = FALSE)

## Extract the right grob
grob_classes <- purrr::map(ph$gtable$grobs, class)
idx_grob <- which(purrr::map_lgl(grob_classes, function(cl) 'gTree' %in% cl))[1]
grob_names <- names(ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children)
idx_rect <- grob_names[grep('rect', grob_names)][1]

## Remove borders around cells
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$col <- ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$fill
ph$gtable$grobs[[idx_grob]]$children[[idx_rect]]$gp$lwd <- 3

## Plot result
graphics::plot.new()
print(ph)

结果应该是这样的：

【讨论】：