在 pheatmap 中设置颜色范围答案

【问题标题】：Set color range in pheatmap在 pheatmap 中设置颜色范围
【发布时间】：2017-05-04 20:57:26
【问题描述】：

我是 R 新手，并开始使用 pheatmap 来可视化处理细胞与对照细胞中基因表达的 log2 倍变化。默认情况下，pheatmap 设置颜色键的上限为 6，下限为 -2。有没有办法分配颜色，将所有高于 4 的值分配给红色的最大强度，将低于 -1 的值分配给蓝色的最大强度，并将介于两者之间的值分配给不同强度的颜色？

这是我一直在使用的代码：

pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames = FALSE)

我想用作颜色：

colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=7,name="RdYlBu")))

【问题讨论】：

我尝试过使用“breaks”参数。但是，超出指定范围的值显示为白色，而不是红色或蓝色

标签： r pheatmap

【解决方案1】：

colors<-colorRampPalette(rev(brewer.pal(n=7,name="RdYlBu")))(255)
pheatmap(my_matrix,cluster_cols = FALSE,cellwidth = 30,fontsize = 7,height = 40,show_rownames = FALSE, col=colors)

【讨论】：

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