尝试使用 rpy2 模块从 Python 脚本调用 R——帮助设置 R 主目录？答案

【问题标题】：Trying to use rpy2 module to call R from Python script -- help setting R home directory?尝试使用 rpy2 模块从 Python 脚本调用 R——帮助设置 R 主目录？
【发布时间】：2017-04-30 08:49:48
【问题描述】：

我的目标是能够从 Python 2.7 脚本调用 R。我首先使用 easy_install 来获取 rpy2 模块。然后我在我的 Spyder 控制台中输入了以下命令：

from rpy2.robjects.packages import importr

这引发了以下错误：

"RuntimeError: 无法确定 R 主目录。

尝试安装Rhttps://www.r-project.org/，将R_HOME环境变量设置为R主目录，或者将R解释器的目录添加到PATH环境变量中。”

看起来 rpy2 中的 R 解释器没有找到 R，因为它不在正确的目录中？我之前已将 R 和 RStudio 下载到我的 Mac 上。

我怀疑这是一个简单的修复，我希望有人能解释这个错误消息的确切含义，以及我应该如何更新 R_HOME 或 PATH 环境变量（我不确定这些究竟是什么）。

【问题讨论】：

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

rpy2 正在您的PATH 中寻找可执行文件R。这意味着当打开终端窗口并输入R 时，R 终端应该启动。由于您看到该错误消息，因此很可能没有找到 R。

找到 R 所在的位置，并将该目录附加到您的 PATH（例如，export PATH=/where/R/is:${PATH} - 如果通过单击应用程序图标启动 spyder，则可以将其添加到您的 ~/.bashrc）。

【讨论】：

谢谢。问题肯定是没有找到 R。我从不使用终端，所以我的识字率很低。我可以在终端中输入：export PATH=/myPath2R:${PATH}。那似乎执行了。我不知道“把它放到你的 ~/.bashrc 中”是什么意思。不过，我通过单击应用程序图标来启动 Spyder。