将 OTU 表和系统发育树与 phyloseq 合并

Question

我正在尝试使用以下命令创建一个包含 OTU 表、分类群名称、样本数据和系统发育树的 phyloseq 类对象

ps <- phyloseq(otu_table(seqtab.nochim, taxa_are_rows=F),
           tax_table(taxa),
           sample_data(Metadata))

physeq = merge_phyloseq(ps, treefile)

我可以创建刚刚找到的 ps 对象，但我无法将系统发育树添加到该对象。这似乎失败了，因为我的 OTU 表和我的树（从 SILVA 数据库下载）上的名称不匹配。使用分类名称，我可以看到树按预期分配了分类名称，但我的 OTU 表具有每个序列读取的名称。

OTU 表 (seqtab.nochim)、分类分配和样本数据都是完全按照 dada2 管道教程制作的，到目前为止我所阅读的所有内容都表明 OTU 表有序列是正常的作为列名。

我很困惑，因为我的分类群对象已经为每个序列读取分配了从王国到属的分类，但是我看不到使用这些分配来匹配系统发育树而不是来自 OTU 的序列读取的方法表。

我确信这可能是我缺少的一些简单而明显的东西，但非常感谢任何帮助！

Answer 1

你是对的，树和 OTU 表和税表需要具有相同的名称。不过，通常情况下，人们不会直接从 SILVA 下载树，而是从一个人的 dada2 序列中制作一棵本地树。在这篇论文by Callihan et al. 中，作者讨论了使用 PHANGORN 来制作这样一棵树。这应该会生成一个树文件，其中包含与其余数据兼容的分支名称序列。如果您有其他问题，请尝试发布您的数据的可重现子集，例如，将 ps 对象二次采样到仅几个样本和五个最丰富的分类群，也许我们互联网人员可以识别问题。