使用 R 的系统调用调用 Qiime

Question

嘿嘿，

当我尝试使用来自R 的系统调用来调用QIIME 时，即

system2("macqiime")

R 停止响应。不过，其他命令行程序没问题。

不能通过system2()从R调用某些程序吗？

MacQIIME 版本： MacQIIME 1.8.0-20140103

采购 MacQIIME 环境变量...

这与普通终端 shell 相同，除了您的默认值 python 是不同的（/macqiime/bin/python），还有其他新的 PATH 中与 QIIME 相关的内容。

（请注意，我主要有兴趣从R Markdown 与engine = "sh" 调用QIIME，这也失败了。但我强烈怀疑这些问题是相关的）

Answer 1

根据我的经验，当你从 unix 命令行调用 Qiime 时，它​​通常会创建一个自己的虚拟 shell 来运行它的命令，这与 ls 或 mv 等常规系统命令不同。我怀疑您可能无法在 R 中运行 Qiime，除非您模拟 Qiime 所需的相同外壳或配置。我尝试从 python 脚本运行它，但没有成功。