在 R 中不调用 shell 的系统调用答案

【问题标题】：System call without invoking shell in R在 R 中不调用 shell 的系统调用
【发布时间】：2015-01-02 04:14:34
【问题描述】：

在基本 R 中，调用系统命令有 3 种主要机制：system、system2 和 shell（似乎与 system 共享手册页）。它们都没有提供一种非常可靠的跨平台方式来运行系统命令而没有 shell 的阻碍——如果 shell 介入，我们需要担心 shell 注入攻击，确保引用正确等等.

某些语言提供对 C 级 execvp 函数的直接访问（例如 Perl 的 system PROGRAM LIST 机制），当我想确保数组中的字符串正是子进程将看到的字符串时，这非常有用在其论点中，无需四处寻找嵌入空格、引号等的适当引用例程，也无需担心它们在不同平台和不同版本的 shell 上会做什么。

在 R 中是否有类似的无壳系统调用机制可用，也许在某处的 CRAN 包中？和/或如果还没有这样的机制，是否有兴趣创建这样的机制？

【问题讨论】：

非常有趣的问题，我想知道答案。但是，就目前而言，该问题可能被解释为要求工具（离题）或主要基于意见。我不会投票结束，但也许您可以进行一些编辑来避免这些结果？
@Andrie 最后一段的第一个问题还不够吗？
@BenBolker - 它不会传递字符串，它会传递字符串的向量（数组），但是是的，在概念上很容易。如果一个已经存在的话，这不是我第一次忽略一个有用的工具。
@Andrie - 如果我更简单地表述为“如何在不调用 shell 的情况下进行系统调用？”它会更好地符合指导方针，但实际上问题是一样的，我只是想提供更多背景信息来说明我的意思以及我想要它的原因。
不，system2 也有同样的问题。如果你看它的源码，它做的第一件事是command <- paste(c(env, shQuote(command), args), collapse = " ")，然后它调用了shell。

标签： r system

【解决方案1】：

以下代码在 R 中运行命令，无需 shell 交互：

library(inline)
cfun <- cfunction(sig = signature(),
          includes = "#include <unistd.h>",
body = 'execl("/bin/date", "date", 0, 0, (char *)0);')
cfun()

我很确定这是一个坏主意，因为我认为它会在执行过程完成后终止 R 进程。叉子呢？

基础包并行C函数mc_fork使用C系统命令fork来实现这一点，并带有用于进程间通信的管道。我不知道这将如何在带有 MinGW 的 Windows 上运行，但由于它在一个基本包中，它似乎可以工作，尽管可能有一个非常不同的下游机制。

在parallel 的 R 源代码中，我在 R-devel/src/library/parallel/src/fork.c 中看到

SEXP mc_fork(SEXP sEstranged)
...
pid = fork();

【讨论】：

【解决方案2】：

扩展@Jack Wasey 的直觉：

library(inline)
cfun <- cfunction(sig = signature(),
          includes = "#include <unistd.h>",
body = '
pid_t fk = fork();
if (!fk) {
    execl("/bin/date", "date", 0, 0, (char *)0);
} else if (fk == -1) {
    perror("fork");
}
return(R_NilValue);
')
cfun()

... 使用 fork 来防止当前进程被劫持（至少在 Linux 中是这样），但会安全地将您返回到 R 中，而不会显示任何内容。

【讨论】：