【问题标题】:Run R script using JAVA program使用 JAVA 程序运行 R 脚本
【发布时间】:2015-09-03 10:55:15
【问题描述】:

我是 R 编程新手。我创建了一个简单的 R 脚本并尝试使用 JAVA 类运行它,但我无法做到。

我尝试过使用 Rserve 和 rJava。使用 Rserve,代码执行在创建“RConnection”实例后停止,而使用 rJava 时出现异常“java.lang.UnsatisfiedLinkError:jri.dll:找不到依赖库”。

JAVA类代码如下:

对于 rJava:

    import org.rosuda.JRI.Rengine;
public class Temp {

public static void main(String a[]) {
    // Create an R vector in the form of a string.
    String javaVector = "c(1,2,3,4,5)";

    // Start Rengine.
    Rengine engine = new Rengine(new String[] { "--no-save" }, false, null);

    // The vector that was created in JAVA context is stored in 'rVector' which is a variable in R context.
    engine.eval("rVector=" + javaVector);

    //Calculate MEAN of vector using R syntax.
    engine.eval("meanVal=mean(rVector)");

    //Retrieve MEAN value
    double mean = engine.eval("meanVal").asDouble();

    //Print output values
    System.out.println("Mean of given vector is=" + mean);

}
}

预留:

import org.rosuda.REngine.REXPMismatchException;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RserveException;
public class Temp {

public static void main(String a[]) {
    RConnection connection = null;
    System.out.println("line 10");
    try {
        // Create a connection to Rserve instance running on default port 6311

        System.out.println("line 15");
        connection = new RConnection();
        System.out.println("line 17");
        //Note four slashes (\\\\) in the path
        connection.eval("source('D:\\\\RExamples\\\\helloworld.R')");
        System.out.println("line 19");
        int num1=10;
        int num2=20;
        int sum=connection.eval("myAdd("+num1+","+num2+")").asInteger();
        System.out.println("The sum is=" + sum);
    } catch (RserveException e) {
        e.printStackTrace();
    } catch (REXPMismatchException e) {
        e.printStackTrace();
    }
}
}

如果您不清楚我的问题或您想了解其他任何信息,请告诉我。提前致谢。

【问题讨论】:

  • 你是如何配置你的 RConnection() 的?听起来您需要调查配置。也许在 RConnection() 构造函数中放置一个断点来验证连接。
  • 你也可以告诉我一些其他的方式。我从 Google 获得了此代码。

标签: java r rjava rserve


【解决方案1】:

有两种不同的方法可以连接 Java 和 R。

如果你想使用JRI,你必须使用JVM参数-Djava.library.path指向包含JRI库的文件夹来启动你的java程序。

例如:

$JAVA_HOME/bin/java  -Djava.library.path=/app/vendor/R/lib/R/library/rJava/jri/ -jar target/myapp.jar

如果找不到 JRI 安装目录,请尝试查找 JRI SO 库:

find / -name "libjri.*"

另外,请确保您已经在您的环境中创建了 R_HOME 和 LD_LIBRARY_PATH:

  • R_HOME:指向您的本地 R 安装(Ej:/Library/Frameworks/R.framework/Resources)
  • LD_LIBRARY_PATH:指向 R lib 目录以及 JRI 目录(EJ:$LD_LIBRARY_PATH:/app/vendor/R/lib/R/lib:/app/vendor/R/lib/R/bin )

另一方面,如果你想使用Rserve,你需要在一个单独的进程中启动Rserve,然后从你的java进程中创建一个RConnection。

例如:

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Starting RServe process...");
        }
        ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder("/bin/sh", "-c", String.format("echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args=\"--no-save --slave --RS-conf %s\")'|%s --no-save --slave", rserveConf, rexe));
        builder.inheritIO();
        Process rProcess = builder.start();

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Waiting for Rserve to start...");
        }
        int execCodeResult = rProcess.waitFor();

        if(execCodeResult != SUCCESS_CODE) {
            LOGGER.error(String.format("Unexpected error code starting RServe: %d", execCodeResult));
        } else {
            LOGGER.error("RServe started successfully");
        }

        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info("Opening connection to RServe daemon....");
        }
        REngine engine = new RConnection();
        if(LOGGER.isInfoEnabled()) {
            LOGGER.info(String.format("Obtaining R server version: %d", ((RConnection)engine).getServerVersion()));
        }
        //Perform some engine.parseAndEval("....");

rserveConf 是 Rserv conf 文件的路径,rexe 是 R 可执行文件的完整路径。

例如,在我的 MacOS 计算机中,我可以启动 Rserve 执行此行:

/bin/sh -c "echo 'library(Rserve);Rserve(FALSE,args=\"--slave --RS-conf /Users/me/Documents/test/rserve.conf\")'|/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/bin/exec/R --no-save --slave"

此命令输出如下内容:

Starting Rserve:
  /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R CMD /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/Rserve/libs//Rserve --slave 

Rserv started in daemon mode.

确保在启动 Rserve 时指定“--slave”参数。

如果您想查看更多示例,我的 github 中有一个使用 JRI 和 RServe 这两种方法的演示项目:

https://github.com/jfcorugedo/RJavaServer

【讨论】:

【解决方案2】:

你只想调用一个外部应用程序:下面的方法不行吗?

Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R"); 

归功于stackoverflow itself

【讨论】:

  • 你能告诉我如何使用它吗?正如在 java 类中使用它一样,它什么也没有显示。
  • 您可以运行脚本,以便将输出写入 csv 文件。稍后您可以读取该文件以输出脚本。阅读给定的链接了解更多详情。
【解决方案3】:

另一种方法是使用 r 的 OpenCpu 包。 这是一个非常简单的服务器(不幸的是单线程),它通过 http 接收 r 函数调用并将输出作为响应返回。

我用它来与java交互。

【讨论】:

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