【发布时间】：2018-11-08 11:38:41
【问题描述】：
我想创建一个 MSset 文件（蛋白质组学数据，数据对应于光谱计数），但我收到错误消息并且卡住了（在阅读了手册、帮助、论坛等之后）。
您可以在这里获取我的文件： https://www.dropbox.com/sh/dw7zfgiku6cteba/AADP3U2yxB5LgXy5ykJYFf0ga?dl=0
这是我尝试过的代码：
setwd("~/Desktop/analyse")
## The spectral counts data:
data <- as.character(read.delim("sc.txt", header=TRUE,sep="\t", row.names=1, as.is=TRUE))
## Feature meta-data:
fdata <- as.character(read.delim("fdata.txt", header=TRUE,sep="\t", row.names=1, as.is=TRUE))
## Pheno data:
pdata <- as.character(read.delim("pheno.txt", header=TRUE,sep="\t", row.names=1, as.is=TRUE))
library("MSnbase")
readMSnSet(exprsFile = data,
phenoDataFile = pdata,
featureDataFile = fdata,
header=TRUE)
最后一条命令返回错误信息
Error in file(file, "rt") : invalid 'description' argument
我已验证以下内容：
class(data)
[1] "character"
class(fdata)
[1] "character"
class(pdata)
[1] "character"
dim(data)
NULL
dim(fdata)
NULL
dim(pdata)
NULL
str(data)
chr [1:15] "c(4, 6, 11, 4, 3, 6, 2, 9, 8, 14, 15, 2, 8, 16, 5, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 13, 11, 5, 0, 4, 6, 116,"| __truncated__ ...
str(pdata)
chr [1:2] "c(\"treatmentA\", \"treatmentA\", \"treatmentA\", \"treatmentA\", \"treatmentA\", \"treatmentB\", \"treatmentB\"| __truncated__ ...
str(fdata)
chr [1:9] "c(222, 273.06, 335.8638, 413.112474, 508.128343, 624.9978619, 768.7473702, 945.5592653, 1163.037896, 1430.53661"| __truncated__ ...
我也尝试过使用“as.matrix()”代替“as.character()”，将“as.matrix()”用于“data”，将“as.data.frame()”用于“fdata”和“pdata” .
尺寸正确匹配，在这种情况下不是“NULL”，但它不能解决问题，因为我收到以下消息：
Error in (function (file, header = FALSE, sep = "", quote = "\"'", dec = ".", :
'file' must be a character string or connection
如果我尝试：
all(rownames(pdata)==colnames(data))
TRUE
我尝试使用以下内容创建我的 MSnSet 文件（初始读取为 as.character...）：
MSnSet(data, fdata, pdata)
Error in (function (storage.mode = c("lockedEnvironment", "environment", :
'AssayData' elements with invalid dimensions: 'exprs'
如果我为“data”读取文件“as.matrix”，为“fdata”和“pdata”读取文件“as.data.frame”：
> MSnSet(data, fdata, pdata)
Error in validObject(.Object) :
invalid class “MSnSet” object: 1: feature numbers differ between assayData and featureData
invalid class “MSnSet” object: 2: featureNames differ between assayData and featureData
> row.names(pdata)[1:5]
[1] "sample1" "sample2" "sample3" "sample4" "sample5"
> colnames(data)[1:5]
[1] "sample1" "sample2" "sample3" "sample4" "sample5"
> row.names(data)[1:5]
[1] "prot1" "prot2" "prot3" "prot4" "prot5"
> row.names(fdata)[1:5]
[1] "prot1" "prot2" "prot3" "prot4" "prot5"
所以我不知道问题出在哪里。关于如何正确创建我的 MSnSet 文件的任何想法？？
非常感谢您的帮助。
SkyR
【问题讨论】：
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1/ 我不知道我的问题来自哪里，所以无法明确指出问题所在； 2/如果我在没有解释我已经尝试过的情况下询问，cmets 会自己搜索更多内容并解释我试图避免人们提供我已经测试过的提示或建议......所以我不了解在这种情况下如何正确写出问题
标签： r bioinformatics bioconductor genome protein-database