构建蛋白质数据库 (PDB) 文件答案

【问题标题】：Building a Protein Data Bank (PDB) file构建蛋白质数据库 (PDB) 文件
【发布时间】：2014-04-29 13:38:01
【问题描述】：

我必须模拟一个复杂的赖氨酸聚合物。它类似于蛋白质，但赖氨酸并不总是与它们的 α 胺结合。我的目标是生成一个PDB (Protein Data Bank) 以供进一步计算。

你知道任何可以让我构建分子的模块吗？我有特殊需求，例如：

我有氨基酸链
我需要在链中再添加一个
但我必须能够指定此 n+1 氨基酸与前一个氨基酸结合的位置和方式
最后，我必须能够生成 PDB 文件

我的第一种方法是使用 SMILES 格式，我可以完美地完成所有操作，除了最后无法构建 pdb，因为没有软件能够处理我的原子数 (> 15000)。

【问题讨论】：

当您说 PDB 时，您是指蛋白质数据库？因为对于大多数 Python 人来说，pdb 是 Python 调试器。 :)
是的，我知道 :) 是的，我的意思是蛋白质数据库

标签： python chemistry

【解决方案1】：

副手，我知道两个比较好的模块：

`pdb-tools`

pdbTools 是一组命令行 python 脚本，用于操作 wwPDB 蛋白质和核酸结构文件。有许多程序，无论是开源的还是专有的，都执行类似的任务；但是，这些工具中的大多数都隐藏在功能更大的程序中。因此，相对简单的计算通常涉及学习新程序、编译模块和安装库。为了填补一个利基（并完成我需要完成的任务），我开始编写自己的工具集。这已经演变成 pdbTools 套件。这套程序的特点是遵循以下理念：

每个程序都应作为具有标准 GNU/POSIX 样式命令行界面的独立应用程序运行。

每个程序的编写方式都应允许将其用作更复杂程序的函数库。

程序应至少需要外部依赖项。

`biopython`

Biopython 项目是一个国际协会，由免费提供的用于计算分子生物学的 Python 工具的开发者组成。

【讨论】：

这些工具在很多方面看起来都很棒，但它们是否允许构建非传统蛋白质？就我所见的一点，我不这么认为。
是的，我已经使用它们来构建液体模拟的 PDB 文件，以便可以将它们输入 pymol 进行渲染。在这种情况下，我的“原子”甚至不是真正的原子，而是用来表示系统宏观特征的伪原子。
好的，我显然错过了文档中的相关信息。你用的是哪个模块？你认为我的东西可以用这种方法，以编程方式构建一个分子，通过指示 2 个氨基酸如何结合？

【解决方案2】：

您可以覆盖氨基酸和蛋白质中选定的原子，以在 pymol 中形成人工键 - https://pymolwiki.org/index.php/Pair_fit

然后导出为 .pdb

你可以在配对之前玩一下分子/s 的位置。

【讨论】：

【解决方案3】：

好的，我终于找到了解决问题的方法，即使它与我的第一个问题无关。我按照我的第一种方法来生成我的聚合物：一个生成长 SMILE 链的 python 脚本。然后，我终于找到了一个能够转换这么长的链条的软件：Discovery studio Visualizer。

我认为它可以工作，因为这个软件不是基于 openbabel。它不是 Python 解决方案，但它确实有效。

还是谢谢。

【讨论】：