R蛋白质组学：输入文件“ExpressionSet”的问题：处理信息：msmsTest包

Question

更新问题：

我想使用 msmsTest 包来统计我的蛋白质组学数据（光谱计数类型）。

但是，使用以下命令导入文件时出现消息错误：

e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)
Error in MSnbase:::logging(msnset, "Applied pp.msms.data preprocessing") : 
  no slot of name "processingData" for this object of class "ExpressionSet".

我认为我的问题来自上一步，当时我尝试以适当的格式生成文件，该文件应该是 ExpressionSet 文件。为此，我尝试逐步遵循 ExpressionSetIntroduction 手册，这对我来说似乎没问题，但是每当我在 msmsTest 包中使用命令“e

请帮助我，我被困了几个星期，这可能是我错过的一件非常愚蠢的事情。

您可以在此处获取示例数据集（原始数据和表型数据）： https://www.dropbox.com/s/o9ts4k5qrnyem6d/rawdata.txt?dl=0 https://www.dropbox.com/s/3oy6n6y5hfq30ee/pdata.txt?dl=0

下面是允许我从头开始构建 ExpressionSet 文件的代码：

library(limma)
library(MSnbase)
library(msmsEDA)
library(msmsTests)
library(edgeR)


# creation of the file "assay data" in the correct format :

dataDirectory<- setwd(".../msmsTest-essai - stkvflw")
exprsFile <- file.path(dataDirectory, "rawdata.txt")
exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE,     sep="\t",row.names=1))

# creation of the phenotypic data file:

pDataFile <- file.path(dataDirectory, "pdata.txt")
pData <- read.table(pDataFile,row.names=1, header=TRUE, sep="\t")  
head(pData)

all(rownames(pData)==colnames(exprs)) # verification that rows and names of both files match

metadata <- data.frame(labelDescription= c("molecule treatment",  
                                           "number of years", 
                                           "tissues from Velpeau Hospital patients", 
                                           "in cm", 
                                           "in kg"), 
                       row.names=c("treat", "age", "tissue", "height", "weight"))

phenoData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metadata)

experimentData <- new("MIAME",
                      name="Mickael Jordan",
                      lab="Chicago Bulls",
                      contact="mjordan@lab.not.exist",
                      title="Basket-ball Research Institute",
                      abstract="An example ExpressionSet",
                      url="www.lab.not.exist",
                      other=list(
                        notes="Created from text files"
                      ))

myStackoverflowexample <- ExpressionSet(assayData=exprs,  
                                        phenoData=phenoData,
                                        experimentData=experimentData,
                                        annotation="blablabla")



myStackoverflowexample

ExpressionSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 8 features, 208 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: A1 A2 ... C64 (208 total)
  varLabels: treat age ... weight (5 total)
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: blablabla 

summary(myStackoverflowexample)
 Length         Class          Mode 
        1 ExpressionSet            S4

所以在这段代码之后，我被 msmsTest 包卡住了：

e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)
Error in MSnbase:::logging(msnset, "Applied pp.msms.data preprocessing") : 
  no slot of name "processingData" for this object of class "ExpressionSet"

如果我们查看手动示例，我们会看到输入 myStackoverflowexample 时没有出现的“处理信息”行

data(msms.dataset) # example given in the manual
msms.dataset

MSnSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 697 features, 14 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: U2.2502.1 U2.2502.2 ... U6.0302.3 (14 total)
  varLabels: treat batch
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
  pubMedIds: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22588121 
Annotation:  
- - - **Processing information** - - -
 MSnbase version: 1.8.0 

关于这个问题的任何线索，并最终能够通过统计分析处理我的文件？

非常感谢您的帮助。

最初的（以及之前的）问题：

我想试试 msmsTest 包。

但是，当我使用示例数据集尝试手册中的代码时，我收到以下错误消息：

b<-read.delim("example.data.set.txt")

head(b)

 name condition tissue    LogFC
1         kjhss1   control  brain 7.129283
2          sdth2   control  brain 7.179909
3     sgdhstjh20   control  brain 9.353147
4 jdygfjgdkydg21   control  brain 6.459432
5  shfjdfyjydg22   control  brain 9.372865
6      jdyjkdg23   control  brain 9.541097

str(b)
'data.frame':   4461 obs. of  4 variables:
 $ name     : Factor w/ 1131 levels "dghwg1041","dghwg1086",..: 480 761 787      360 863 385 133 888 563 738 ...
 $ condition: Factor w/ 5 levels "control","treatmentA",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1     1 ...
 $ tissue   : Factor w/ 2 levels "brain","heart": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ LogFC    : num  7.13 7.18 9.35 6.46 9.37 ...

e <- pp.msms.data(b)

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature     ‘"data.frame"’

所以我被困在了那里，我无法继续前进。

我尝试将我的数据集定义为 as.data.frame() 或 as.matrix()，但我收到相同的错误消息。

我已阅读有关 biobase 中 exprs() 函数的信息： “这些通用函数访问存储在从 eSet 类派生的对象中的化验数据的表达式和错误测量值。”

但这对我没有多大帮助......我已经阅读了一些与基因组数据的类似 exprs() 问题相关的帖子，但对我来说这听起来像是“胡言乱语”。显然，我的 data.frame 的 eSet 类结构可能有问题，但我不明白这是什么意思以及如何解决它。

有谁知道如何解决这个问题以及如何进行？

提前非常感谢，

亲切的问候，

SkyR

Answer 1

查看msmsTests vignette 和pp.msms.data 函数here，该函数仅接受以下作为其参数：

msnset：一个MSnSet，在表达式矩阵中具有光谱计数。

小插图的第 2 部分（LC-MS/MS 数据集示例）向您展示了一个示例。您必须将您的数据放入pp.msms.data 接受的类中——这不是简单的数据框，也不是矩阵。

这个 MSnSet 对象中包含一个光谱计数 (SpC) 矩阵 化验数据 插槽，并在 现象数据 投币口。 （另见表达式集 小插图（“ExpressionSetIntroduction”，package=“Biobase”）[10]）